Der Charakter entstammt einer Linie von Luftkriegern und führt seine Abstammung auf Phantom F. Harlock I. zurück, einen Forscher des frühen 20. Jahrhunderts, der während einer Expedition durch die Owen-Stanley-Berge Neuguineas verschwand. Die Autobiographie von Phantom I. deutet auf sein Überleben hin, nachdem er der geisterhaften Owen-Stanley-Hexe begegnet war, wodurch sein Schicksal ungeklärt bleibt. Sein Nachkomme, Phantom F. Harlock II., ein Luftwaffenpilot im Zweiten Weltkrieg, widersetzte sich Befehlen, um dem japanischen Ingenieur Toshiro Oyama die Flucht in die Schweiz zu ermöglichen, und besiegelte damit einen Blutsbund ewiger Freundschaft zwischen ihren Familien. Harlock II.s Auflehnung gegen unterdrückerische Systeme zementierte ein Erbe des Widerstands.
Bis zum späten 30. Jahrhundert taucht der Charakter erneut auf, diesmal als Offizier der Solarföderation, der sich einem von dem Illumidus-Imperium versklavten Erde entgegenstellt. Enttäuscht von der Apathie der Menschheit, sammelt er Widerstandskämpfer um sich, darunter Toshiros Nachkommen Tochiro Oyama und die rätselhafte Weltraumpiratin Emeraldas. Gemeinsam konstruieren sie das Schlachtschiff *Arcadia*, dessen Name den ancestralen Harlock-Oyama-Pakt ehrt. Das Schiff wird zum Symbol des Aufstands und verkörpert unnachgiebigen Widerstand gegen Tyrannei.
Physisch ist er durch eine erbliche Gesichtsnarbe gezeichnet – deren Ursprung im Dunkeln liegt – und trägt eine schwere Augenverletzung von einem Zusammenstoß mit Illumidus-Truppen, was seine Zähigkeit unterstreicht. Seine Philosophie lehnt Unterwerfung ab, widersetzt sich sowohl äußerer Autorität als auch gesellschaftlicher Gleichgültigkeit. Handlungen wie die Beibehaltung des Kriegsschiffs *Deathshadow* und die Priorisierung individueller Handlungsfreiheit über kollektive Kapitulation spiegeln einen persönlichen Ehrenkodex wider. Der Ausspruch „nur Miete zahlen“, von Harlock II. übernommen, verkörpert seine Auffassung von Pflicht als eine Schuld gegenüber der Geschichte, selbst wenn er von modernen Kontexten losgelöst ist.
Schlüsselbeziehungen prägen seinen Weg: Maya, eine Widerstandsführerin und Geliebte, stirbt und schürt seinen Entschluss; Emeraldas bietet taktisches Geschick, während sie Neutralität wahrt; und die Tokargans, ehemalige Illumidus-Kollaborateure, läutern sich, indem sie ihr Leben opfern, um die *Arcadia* zu schützen. Nach dem Sieg über den Illumidus-Kommandanten Zeda wird er vom kollaborierenden Erdregime verbannt und flieht mit einer Crew von Dissidenten, um sich auf eine nomadische Suche nach Freiheit zu begeben. Spätere Erzählungen dokumentieren seinen endlosen Kampf gegen Unterdrückung, wobei narrative Details je nach Adaption variieren.
Ahnenverbindungen knüpfen ihn an Heiligenstadt, eine Region mit vager geopolitischer Bedeutung, während seine Ethnie vom Schöpfer Leiji Matsumoto bewusst undefiniert bleibt, um ihn als Sinnbild universellen Widerstands und Individualismus zu etablieren.