Roy Focker begann als Kunstflugpilot im Fliegenden Zirkus von Hikaru Ichijyos Vater, wo er Nachbauten der Fokker D.VII-Doppeldecker flog. Dort wurde er eine Mentorfigur für den jungen Hikaru. Nach dem Tod vieler Freunde verließ er den Zirkus, um sich während der Einigungskriege den United Nations Forces anzuschließen, wobei er ein Versprechen brach, nach dem Konflikt zurückzukehren. Vor seinem Militärdienst studierte er Archäologie an der Universität und war mit der älteren Studentin Aries Turner zusammen; ihre Trennung trug zu seinem Berufswechsel bei.
Als Kampfpilot in den Einigungskriegen erwarb er sich den Status eines Fliegerasses mit über 180 bestätigten Abschüssen, darunter die Zerstörung von fünf feindlichen Kampfflugzeugen während eines Katers. Seine außergewöhnlichen Fähigkeiten führten zu seiner Auswahl als Testpilot für frühe Variable-Kämpfer-Programme. Er flog experimentelle Prototypen wie die VF-X und VF-X-1. Bis 2008 befehligte er das Skull Team vom Tarnkappen-Träger CVN-99 Asuka II aus während einer geheimen Mission im Südpazifik, wobei er die VF-0S Phoenix steuerte. Während dieses Einsatzes lieferte er sich im Zuge des Mayan Island-Vorfalls die ersten Gefechte zwischen Variablen Kampfflugzeugen gegen die SV-51 der Anti-United Nations Forces. Seine Führungsqualitäten ermöglichten später seine Versetzung zur South Ataria Island als Staffelführer für das SDF-1 Macross-Projekt.
Während des Space War I gegen die Zentradi führte er die Skull Squadron von der CVS-101 Prometheus aus und flog die VF-1S Valkyrie. Sein Ruf als rücksichtsloser, aber hochtalentierter Pilot blieb bestehen – geprägt von starkem Rauchen, Trinken und Frauengeschichten, neben einer festen Beziehung mit der SDF-1-Brückenoffizierin Claudia LaSalle. Er setzte seine Mentorenrolle für Hikaru fort, nachdem er ihn zur Meldung ermutigt hatte, und gab Ratschläge zu Kampf- und persönlichen Angelegenheiten. Sein Flugstil beinhaltete das Ausführen und Lehren fortgeschrittener Manöver, wie einen Boost-to-Inverted-Climb während der Jungfernfahrt der SDF-1. Am 7. Februar 2009 verwickelte er Hikaru unbeabsichtigt in die erste Schlacht gegen die Zentradi, indem er ihm Zugang zu einer geparkten Valkyrie gewährte.
Sein Tod wurde in verschiedenen Erzählungen unterschiedlich dargestellt. In der Fernsehserie erlitt er tödliche Verletzungen im Kampf gegen Milia Fallynas Queadluun-Rau-Truppen. Er lehnte eine Behandlung ab und verbrachte seine letzten Momente mit Gitarrespielen, während er darauf wartete, dass Claudia einen Ananassalat zubereitete, und starb an inneren Blutungen, bevor sie fertig war. Im Film „Do You Remember Love?“ opferte er sich an Bord eines Zentradi-Schiffs, um die Flucht von Hikaru Ichijyo und Misa Hayase während eines Angriffs der Meltrandi zu sichern. Hikaru übernahm nach Roys Tod die Führung der Skull Squadron und erbte seine Valkyrie.
Sein Vermächtnis lebte durch den Roy Focker-Preis weiter, der jährlich an herausragende Variable-Kämpfer-Piloten verliehen wird. Isamu Alva Dyson gewann diesen Preis dreimal in Folge von 2037 bis 2039. Elemente seines Charakters – einschließlich seiner Squadronszugehörigkeit, Mentorrolle und Verbindung zu ananasbasierten Gerichten – inspirierten spätere Charaktere wie Ozma Lee in „Macross Frontier“.