Musashi Miyamoto wird als legendärer japanischer Schwertkämpfer aus der frühen Edo-Zeit dargestellt, der entgegen historischen Aufzeichnungen, die seinen Tod im Jahr 1645 angeben, noch immer lebt und über vierhundert Jahre alt ist. Er lebt auf einer Klippe am Berg Tengu, wo er jahrhundertelang als Hüter des Raijin-ken diente, eines legendären Schwertes, das mit der Kraft des Donnergottes durchdrungen ist. In seiner Jugend war er ein großer und gutaussehender Mann, doch über die Jahrhunderte hat sich sein Aussehen drastisch verändert. Er ist nun ein kleiner, wettergegerbter alter Mann, leicht erkennbar an seinen langen, antennenartigen Augenbrauen. Seine körperliche Verwandlung ist so vollständig, dass frühere Rivalen und Schüler wie Kojiro Sasaki und Jubei Yagyu ihn nicht wiedererkennen, als sie in der Gegenwart wiederbelebt werden.

Trotz seines hohen Alters und seines gebrechlich wirkenden Körpers, der zu Rückenkrämpfen neigt und eine fragile Hüfte hat, ist Musashis Schwertkunst außergewöhnlich. Nach über sechzig gewonnenen Duellen in seinem Leben sind seine Reflexe immer noch unglaublich scharf, und er ist ein Meister des Niten Ichi-ryuu, auch bekannt als Zwei-Himmel-als-ein-Stil oder Zweischwertstil, eine Technik, für die der historische Musashi berühmt ist. Er fungiert als verantwortungsbewussterer und weniger nachsichtiger Meister für den jungen Protagonisten Yaiba Kurogane im Vergleich zu Yaibas eigenem Vater. Allerdings ist Musashi nicht ohne eigene Fehler, da er Yaibas Neigung zu Völlerei und Lüsternheit teilt und sich oft wie ein diebischer und perverser alter Mann verhält. Er ist bekannt für sein markantes und charakteristisches Lachen, das wie Hyo~hyohyohyo klingt.

Musashis Hauptrolle in der Geschichte ist die eines Mentors und Lehrers für Yaiba. Nachdem Yaiba sich würdig erweist, indem er das Raijin-ken aus dem Stein zieht, nimmt Musashi den jungen Samurai unter seine Fittiche, trainiert ihn, die Kraft des Schwertes richtig einzusetzen und ein wahrer Samurai zu werden. Er wird zu einer zentralen Figur in Yaibas Gruppe, oft als strategischer Kopf des Unternehmens, der seine jahrhundertealte Erfahrung und taktische Brillanz nutzt, um die jüngeren Helden in ihren Kämpfen gegen gefährliche Gegner wie den Dämon Takeshi Onimaru und die Himmelsbestie Yamata no Orochi zu führen. Sein tiefes Geschichtswissen erweist sich ebenfalls als unschätzbar, da er viele der historischen und legendären Figuren, denen das Team begegnet, persönlich kennt.

Das lange Leben und die persönliche Geschichte des Charakters sind zentral für die Handlung. Sein berühmtestes historisches Duell gegen seinen großen Rivalen Kojiro Sasaki auf der Insel Ganryu wird wieder aufgenommen, als Yaiba in die Vergangenheit reist. Durch eine Wendung des Schicksals ist Yaiba gezwungen, sich als Musashi zu verkleiden, um das Duell zu gewinnen und ein Zeitparadoxon zu verhindern, das seine eigene Existenz auslöschen würde. Dieses Ereignis hatte einen tiefgreifenden Einfluss auf den echten Musashi, der es miterlebte und die Entschlossenheit des jüngeren Schwertkämpfers übernahm, um jeden Preis zu gewinnen und zu überleben, eine neue Denkweise, die er für sein eigenes vierhundertjähriges Überleben verantwortlich macht. Trotz seiner mürrischen Art und fragwürdigen Verhaltens wird Musashi von Schuldgefühlen über Kojiros Tod geplagt und bleibt den Idealen des Samurai verpflichtet, selbst in einer seltsamen, modernen Welt. Am Ende der Geschichte ist sein abenteuerlustiger Geist ungebrochen, da er zuletzt auf dem Mars zu sehen ist, wo er sich Ärger einhandelte, als er versuchte, einen Diamantenschatz zu stehlen.