Kidou Minobe ist der Hauptantagonist der Erzählung und der amtierende Anführer des Koga-Clans. Sein Hintergrund ist geprägt von körperlicher Gebrechlichkeit und tiefer Bitterkeit. Da er mit Behinderungen geboren wurde, die ihn daran hinderten, ein funktionsfähiger Ninja zu werden, wurde er in seiner Kindheit qualvollen und letztlich nutzlosen experimentellen medizinischen Eingriffen unterzogen. Diese hinterließen bei ihm dauerhafte körperliche und emotionale Narben. Der spätere Aufstieg seines jüngeren Bruders Kishimaru Minobe zu einem erfolgreichen Ninja schürte in Kidou einen verzehrenden Neid und Groll, der sich schließlich zu einem tiefsitzenden Hass auf alle Ninjas und ihre Traditionen verhärtete.

Was die Persönlichkeit betrifft, ist Kidou die Verkörperung von Grausamkeit, Manipulation und völligem Mangel an Empathie. Er hat große Freude daran, andere zu kontrollieren und jeden zu eliminieren, den er für einen Versager oder Feigling hält. Seine ultimative Motivation ist die Auslöschung aller Ninja-Clans. Sein Ehrgeiz ist es, sich selbst als letzten Ninja zu positionieren, wonach er plant, Japan mit einer Armee von Roboter-Ninjas unter seinem Kommando zu regieren. Er zeigt offen keine Reue, lehnt jedes Schuldgefühl ab und empfindet keine Gewissensbisse für seine Taten.

Innerhalb der Geschichte fungiert Kidou als der Meisterstratege, der den Konflikt zwischen den Koga- und Iga-Clans anzettelt. Er inszenierte die Ermordung seines eigenen Bruders Kishimaru und beschuldigte dann den rivalisierenden Iga-Clan des Mordes, um einen Vernichtungskrieg gegen sie zu rechtfertigen. Er festigt seine Macht innerhalb des Koga-Clans durch Angst und Gewalt. Als ein Ältester namens Housen Ban sich der geplanten Invasion des Iga-Dorfes widersetzt, erschießt Kidou ihn mitten in einer Versammlung, um Widerspruch zum Schweigen zu bringen. Er manipuliert auch andere Clanmitglieder wie Suzaku Ban, indem er ihre persönlichen Grollgefühle ausnutzt, um sich ihre Loyalität zu sichern. Jenseits der Ninja-Welt arbeitet Kidou mit korrupten Beamten zusammen, insbesondere mit Genji Karajishi von der NSC, um Beweise zu fabrizieren und politische Hindernisse zu beseitigen.

Kidous wichtigste Beziehungen sind eher durch Ausbeutung als durch Verbundenheit definiert. Besonders bemerkenswert ist, dass er durch Konkubinen mehrere Kinder zeugt, nur um die Mütter nach der Geburt zu ermorden und den Kindern Kontroll-Mikrochips ins Gehirn zu implantieren. Er betrachtet seinen Nachwuchs ausschließlich als Werkzeuge für seine Machenschaften. So wird zum Beispiel seine Tochter Satomi Tsubaki ausgesandt, um den Iga-Erben Ittoki Sakuraba zu ermorden, während eine andere Tochter, Kousetsu, unwissentlich als Infiltratorin im Iga-Dorf eingeschleust wird. Er zeigt keine väterliche Liebe und aktiviert Kousetsus Mikrochip aus der Ferne, um sie zu zwingen, die Iga-Anführerin Yumika Sakuraba zu ermorden.

In Bezug auf die Entwicklung bleibt Kidou bis zu seinem Tod entschlossen statisch in seiner Schurkerei. Er lehnt einen Waffenstillstand mit dem Iga-Clan ab, der während der finalen Konfrontation angeboten wird. Stattdessen legt er eine mechanisierte Ninja-Rüstung an und greift Ittoki und Kousetsu an. Nachdem er von Ittoki besiegt wurde, der sich dafür entscheidet, sein Leben zu verschonen, unternimmt Kidou einen letzten hinterhältigen Angriff. Er wird von Tokisada Kaga abgefangen und getötet, der Rache für den Tod seiner Schwester Yumika und für Kidous weitreichende Gräueltaten nimmt. Seine letzten Worte verspotten Ittokis Gnade und bekräftigen seine eigene reuelose Natur. Seine bemerkenswerten Fähigkeiten sind eher technologischer als physischer Natur; er ist ein erfahrener Manipulator und Stratege und befehligt eine beeindruckende Streitmacht mechanisierter Asura-Ninjas. Im Kampf verlässt er sich auf einen leistungsstarken mechanisierten Anzug, der seine Stärke und Bewaffnung verstärkt und so seine körperlichen Behinderungen ausgleicht.