Genzaburou Inoue dient als Hauptmann der Sechsten Division innerhalb der Shinsengumi. Er ist ein freundlicher und väterlicher Mann mittleren Alters, der der Protagonistin Chizuru Yukimura erstmals erscheint, als sie im Hauptquartier der Shinsengumi erwacht. Sein Verhalten unterscheidet ihn sofort von vielen seiner Offizierskollegen, da ihm die einschüchternde Ausstrahlung fehlt, die andere umgibt, und er Chizuru von Anfang an mit sanfter Besorgnis behandelt. Er lehnt jede Idee ab, Chizuru zu verletzen, vor allem aufgrund ihrer Jugend, und sobald er ihre wahren Umstände erfährt, zeigt er Reue, sie gefesselt zurückgelassen zu haben, und ist zutiefst um ihr Wohlergehen besorgt.

Trotz seiner im Allgemeinen gutmütigen und unaufdringlichen Persönlichkeit besitzt Inoue ein heftiges Temperament, das zum Vorschein kommt, wenn er an seine Grenzen stößt. Diese verborgene Seite ist unter seinen Kameraden wohlbekannt; andere Hauptmänner wie Harada und Nagakura sollen um ihr Leben rennen, wenn er schließlich ausrastet. Er nimmt seine Pflichten ernst und erwartet das gleiche Engagement von seinen Kollegen. Inoue pflegt eine enge und vertrauensvolle Bindung zur Führung der Shinsengumi, stammt aus demselben Dorf wie Toshizo Hijikata und Isami Kondo und trainierte mit ihnen im Shieikan-Dojo. Durch eine familiäre Heiratsverbindung ist er auch entfernt mit Souji Okita verwandt.

In der Erzählung begleitet Inoue oft die Hauptmitglieder der Shinsengumi auf ihren Missionen, dient als zuverlässiger Geheimdienstoffizier und verbringt viel Zeit mit wesentlichen Aufgaben und der Aufrechterhaltung der Ordnung im Lager. Er bietet Chizuru während ihrer Suche nach ihrem Vater beständige emotionale Unterstützung. Bei einer Gelegenheit, als eine Katze in der Küche ein Chaos anrichtet, verliert er so sehr die Beherrschung, dass andere Hauptmänner fliehen, obwohl er später beim Aufräumen hilft. Als eine Wäscheleine zusammenbricht, arbeitet er mit Chizuru zusammen, um die Bettwäsche erneut zu waschen, was zeigt, dass er solche großen Aufgaben aus seiner Zeit im Shieikan gewohnt ist. Er versichert Chizuru, dass alle ehemaligen Schüler dort gute Menschen sind und dass die Shinsengumi sie nicht schlecht behandeln werden.

Inoue ist ein kompetenter Kämpfer, der ein engagierter Schüler des Tennen Rishin-ryu-Stils war und etwa zehn Jahre brauchte, um die höchste Stufe der Meisterschaft, Menkyo Kaiden, zu erreichen. Seine Rolle ist hauptsächlich unterstützend, aber seine Loyalität gegenüber den Idealen und der Führung der Shinsengumi ist unerschütterlich. In fast jeder Handlungslinie endet seine Erzählung tragisch während der Schlacht von Toba-Fushimi. Die genauen Umstände können variieren, aber er stirbt konsequent, während er Chizuru beschützt. In einer wiederkehrenden Szene begleitet er Chizuru, um Verstärkung vom Yodo-Clan zu suchen, nur um deren Verrat zu entdecken. Dann stellt er Chizurus Sicherheit über alles andere, drängt sie zur Flucht, während er sich allein den angreifenden Feinden stellt. Er wird typischerweise erschossen und niedergestreckt, und sein Tod hat tiefgreifende Auswirkungen auf Chizuru, die zum ersten Mal ihr Schwert im Kampf zieht. In seinen letzten Momenten drückt er seine väterlichen Gefühle für sie aus und sagt, wenn er eine Tochter hätte, wäre sie ungefähr in Chizurus Alter, und ein Vater müsse seine Tochter beschützen.