Naoto Kirihara ist der ältere der Kirihara-Brüder und eine zentrale Figur in der Erzählung von Night Head Genesis. Geboren mit mächtigen psychokinetischen Fähigkeiten, wurden er und sein jüngerer Bruder Naoya von ihren Eltern verstoßen, die ihre übernatürlichen Gaben fürchteten, und anschließend in einer Forschungseinrichtung untergebracht, wo sie fünfzehn Jahre lang festgehalten wurden. Nach ihrer Flucht, als die psychische Barriere, die sie einschloss, zusammenbrach, übernimmt Naoto die Rolle von Naoyas Beschützer und Vormund, der sich leidenschaftlich dafür einsetzt, ihn in Sicherheit zu halten. Vom Charakter her ist Naoto der selbstbewusstere und durchsetzungsfähigere der beiden Brüder, mit einem hitzigen Temperament, das ihn, wenn es provoziert wird, oft dazu bringt, mit seiner Psychokinese auszubrechen und dabei unbeabsichtigt nahegelegene Gegenstände zu zerstören. Trotz seines nach außen hin selbstbewussten Auftretens fürchtet er zutiefst das zerstörerische Potenzial seiner eigenen Fähigkeiten und den Schaden, den sie anrichten könnten. Seine Hauptmotivation ist es, Naoya vor Gefahren zu schützen und sich in der Außenwelt zurechtzufinden, während er sich mit seiner eigenen Macht auseinandersetzt. Er hegt starken Groll gegenüber Mikuriya, dem Leiter des Forschungszentrums, in dem er und sein Bruder eingesperrt waren, und macht ihn für ihre gestohlene Kindheit verantwortlich. Naotos Schlüsselfähigkeit ist Psychokinese, die es ihm erlaubt, Objekte mit seinem Verstand zu bewegen oder zu manipulieren; jedoch erschöpft ihn die übermäßige Nutzung dieser Kraft körperlich. Er teilt auch eine telepathische Verbindung mit Naoya, die eine stille Kommunikation zwischen den Brüdern ermöglicht. Darüber hinaus kann Naoto seine Psychokinese einsetzen, um in die traumatischen Visionen einzugreifen, die Naoya erlebt, und so das Leid zu verhindern, das sein Bruder miterlebt. Im Laufe der Geschichte ringt Naoto mit der Last seiner Fähigkeiten und seiner Beschützerinstinkte, wächst, indem er lernt, sein Temperament zu kontrollieren und seine Kraft für konstruktive Zwecke einzusetzen, während seine Bindung zu Naoya der emotionale Kern seines Charakterbogens bleibt.