Fumio Shijō ist die zentrale Figur in der Geschichte von Arch Angels. Nach dem Tod ihrer Mutter trifft sie zum ersten Mal auf ihren Bruder Kazuomi Shijō. Mit dem Spitznamen „der Prinz“ schreibt er sie an der St. Michael’s Academy ein, einer Eliteschule auf einer abgelegenen Insel, die junge Frauen vor weltlichen Versuchungen schützen soll. Die Umgebung der Akademie, in der von allen Schülerinnen erwartet wird, engelsgleich, schön, höflich, unschuldig und bescheiden zu sein, passt überhaupt nicht zu Fumio, die sich zutiefst unwohl fühlt und Schwierigkeiten hat, die Rolle einer „wohlerzogenen jungen Dame“ zu spielen. Ihre persönlichen Vorlieben und Wünsche sind viel bodenständiger; ihr wahrer Wunsch ist es, die Universität Tokio zu besuchen und einfache Alltagsgerichte wie Junkfood zu genießen.

Fumios Persönlichkeit wird durch diesen Konflikt zwischen den erstickenden Erwartungen ihres neuen Lebens und ihrer eigenen bodenständigen Art geprägt. Sie empfindet die Atmosphäre der Schule aufgrund ihres Fokus auf Klasse, Eleganz und verfeinerte Geschmäcker als „Hölle auf Erden“. In einem Moment der Rebellion gegen die ihr auferlegten Zwänge folgt sie ihren Instinkten und schwänzt den Unterricht, um eine Schale Hühnchen-Ramen zu essen. Dieser Akt des Trotzes ist eine zentrale Demonstration ihrer grundlegenden Motivation: der Wunsch, sich selbst treu zu sein, selbst wenn dies gegen den strengen gesellschaftlichen Kodex der St. Michael’s verstößt. Als sie von ihren Mitschülerinnen zur Rede gestellt wird, gesteht sie ihre „bürgerliche“ Seite, was ihre Ehrlichkeit und ihre Ungekünsteltheit offenbart.

Fumios Hauptrolle in der Geschichte ist die der widerstrebenden Heldin, die durch ihre Authentizität eine entscheidende Freundschaft schließt. Nachdem sie ihre wahre Natur eingestanden hat, erwidern ihre Klassensprecherin Kazuna Saiki und die stellvertretende Klassensprecherin Yuzuko Sarashina dies, indem sie ihre eigenen verborgenen, weniger engelhaften Interessen gestehen, wie etwa das Lesen von Schundromanen. Kazuna und Yuzuko werden ihre Seelenverwandten, und diese wachsende Freundschaft bildet den emotionalen Kern der Erzählung. Ihre Beziehung zu ihrem Bruder Kazuomi ist der Auslöser, der sie an die Akademie bringt, aber es ist die Verbindung zu ihren beiden Freundinnen, die ihr Kraft gibt. Während sich ihre Freundschaft entwickelt, beginnen eine Reihe mysteriöser Entführungen von „wohlerzogenen jungen Damen“ die Schule zu bedrohen. Dieses Ereignis zwingt Fumio und ihre neuen Freundinnen dazu, nicht mehr nur mit dem Akademieleben zurechtzukommen, sondern eine aktivere Rolle zu übernehmen.

Fumio macht eine bedeutende Entwicklung durch, von einem Mädchen, das sich fehl am Platz fühlt und sich dazu gezwungen sieht, ihr wahres Ich zu verstecken, zu einer jungen Frau, die Verbündete unter ihren Mitschülerinnen findet und schließlich die Handlungsfähigkeit erlangt, ihre Schule zu verteidigen. Der seltsame Vorfall, der sich ereignet, als Kazuna und Yuzuko sie beim Schwänzen des Unterrichts entdecken, scheint ein Wendepunkt zu sein, der dazu führt, dass das Trio bemerkenswerte Fähigkeiten erweckt. Fumio erhält zusammen mit Kazuna und Yuzuko Superkräfte. Diese Fähigkeiten, die sich offenbar in Verbindung mit ihrer aufrichtigen Freundschaft manifestieren, befähigen sie, die Schurken aufzuspüren, die als italienische Entführer oder Piraten beschrieben werden, und sie zur Rechenschaft zu ziehen, um ihre abgeschiedene Akademie vor der Bedrohung zu schützen.