"Masked Rider Ryuki: 13 Riders" ist eine Manga-Adaption der gleichnamigen Kamen-Rider-Fernsehserie, die das Konzept eines tödlichen Kampfes zwischen dreizehn Riders (Kriegern) um die Erfüllung eines Wunsches behandelt. Die Handlung spielt in einer alternativen Realität, in der die Riders mit Hilfe von mysteriösen Kartenverträgen und mächtigen Kreaturen namens "Contract Monsters" gegeneinander antreten. Der Protagonist, Shinji Kido, ein junger Journalist, stolpert zufällig in diesen Konflikt, als er auf den Rider Dragreder und seinen Besitzer, Ren Akiyama, trifft. Shinji erhält den Ryuki-Vertrag und wird in den Kampf hineingezogen, obwohl er zunächst keine klaren Motive hat.
Die Riders sind gezwungen, sich gegenseitig zu bekämpfen, um zu überleben, da der letzte Überlebende einen Wunsch bei einem mysteriösen Wesen namens Kanzaki Shiro erfüllt bekommt. Jeder Rider hat persönliche Gründe, an diesem Kampf teilzunehmen, sei es Rache, Macht oder die Rettung eines geliebten Menschen. Shinji, der anfangs naiv und idealistisch ist, versucht, den Kampf zu beenden, indem er die Riders davon überzeugt, ihre Wünsche ohne Gewalt zu erreichen. Seine moralischen Überzeugungen stehen im starken Kontrast zu den brutalen Realitäten des Kampfes.
Ren Akiyama, der Rider Knight, ist ein weiterer zentraler Charakter, der einen persönlichen Rachefeldzug gegen den Rider Ouja führt, der für den Tod seiner Freundin verantwortlich ist. Ren und Shinji bilden eine ungewöhnliche Allianz, obwohl ihre Ziele und Methoden oft kollidieren. Andere Riders wie der skrupellose Takeshi Asakura (Ouja), der rätselhafte Miyuki Tezuka (Raia) und die geheimnisvolle Yui Kanzaki, die Schwester von Kanzaki Shiro, tragen zur komplexen Dynamik des Konflikts bei.
Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Kämpfen, Intrigen und Enthüllungen über die wahren Absichten von Kanzaki Shiro. Es wird deutlich, dass der Kampf nicht nur um Wünsche geht, sondern auch um die Rettung von Yui, die in einer Parallelwelt gefangen ist. Die Riders müssen sich nicht nur gegenseitig bekämpfen, sondern auch mit den moralischen Konsequenzen ihrer Handlungen und der Frage, ob ihre Wünsche den Preis wert sind.
Der Manga behält die düstere und dramatische Atmosphäre der Serie bei, vertieft jedoch die Charakterentwicklung und die Hintergründe der Riders. Die Handlung ist geprägt von Themen wie Schicksal, Moral und den menschlichen Abgründen, die durch Macht und Verzweiflung freigelegt werden. Die Geschichte endet mit einem finalen Konflikt, der die Überlebenden vor schwierige Entscheidungen stellt und die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen lässt.