Eine gemeinsame wissenschaftliche Expedition aus Japan und der fiktiven Supermacht Rosilica reist zu einer abgelegenen Südseeinsel namens Infant Island, einem Ort, der zuvor als Wasserstoffbombentestgelände genutzt wurde und als unbewohnt galt. Das Team, zu dem auch ein Linguist namens Chujo gehört, macht eine verblüffende Entdeckung: Die Insel beherbergt eine eingeborene Bevölkerung und mehrere winzige, leuchtende Feen, bekannt als die Airenas, die in Frieden leben und eine riesige, göttliche Entität verehren, die sie ihre Göttin Mothra nennen. Ein skrupelloser rosilicanischer Unternehmer namens Nelson, der Teil der Expedition ist, ergreift die Feen, entführt sie und bringt sie weg, um sie für öffentliche Auftritte in der glitzernden Metropole New Wagon City auszubeuten. Der Diebstahl der Airenas weckt die schlafende Göttin Mothra, die aus einem riesigen Ei im Herzen der Insel schlüpft.

Die Geschichte wird in drei verschiedenen Akten von verschiedenen Autoren erzählt. Der erste Akt, der sich auf die Entdeckung der Insel und der Feen konzentriert, dreht sich um Chujo, der von den winzigen Wesen fasziniert wird. Der zweite Akt stellt einen einfallsreichen japanischen Reporter namens Fukada vor, der entschlossen ist, die Geheimnisse der Insel aufzudecken. Er schmuggelt sich auf die Expedition und erfährt von den Eingeborenen den Schöpfungsmythos der Insel, der von göttlichen Liebenden erzählt, die Mothra und die vier Airenas erschufen, die als ihre Wächter dienen. Die Erzählung wechselt dann zum klimatischen letzten Akt, der Mothras Rettungs- und Rachefeldzug folgt. Die Göttin reist von der Südsee nach Japan, wo sie sich in einer dramatischen Metamorphose in ihre riesige erwachsene Imago-Form verwandelt und dabei ein bedeutendes nationales Wahrzeichen, das Nationale Parlamentsgebäude, als ihren Kokon nutzt. Von dort fliegt Mothra nach Rosilica, wo sie die Stadt zerstört, die die Feen gefangen hält. Nachdem sie sie erfolgreich gerettet hat, kehrt sie zu ihrer Insel zurück, um ihre verbleibenden Tage in Frieden zu verbringen.

Die Novelle ist bemerkenswert für ihre kollaborative Entstehung und ihren pointierten politischen Subtext, der Ängste vor dem Kalten Krieg und Japans Position zwischen größeren Weltmächten widerspiegelt – ein Thema, das in der späteren Filmadaption abgeschwächt wurde. Die menschliche Besetzung wird im letzten Abschnitt durch eine Studentenaktivistin namens Michiko abgerundet, die eine potenzielle Liebesinteresse für Chujo wird und deren establishmentkritische Rufe 'Nelson, geh nach Hause' direkt die realen Proteste gegen die amerikanische Militärpräsenz in Japan in den frühen 1960er Jahren widerspiegeln.