Dreihundert Jahre nach den Großen Hexenkriegen wird die legendäre Hexe Seraphina, gefürchtet als das Unheil der Ewigen Nacht, von den vereinten Streitkräften fünf Königreiche hingerichtet. In ihrem letzten Moment wirkt sie einen verbotenen Reinkarnationszauber als Wagnis. Sie erwacht als Lilia Serendel, die zwölfjährige uneheliche Tochter der königlichen Familie Serendel, eines Königreichs, das einst die Anklage gegen sie anführte. Lilia ist die Schande des Königreichs: eingesperrt in einem feuchten Keller, mit Abfällen gefüttert und regelmäßig von ihrer legitimen Halbschwester, Prinzessin Elodie, geschlagen, während der gleichgültige König wegschaut. Die einzige Freundlichkeit, die sie erfährt, kommt von einem stummen Dienerjungen namens Ash.

Die Handlung spielt auf dem Kontinent Auldrant, der sich noch von den Narben des magischen Krieges erholt. Magie ist nun eine regulierte, verwässerte Disziplin, die nur Adligen gelehrt wird, und Hexen werden als reines Böse mythisiert. Seraphinas ursprüngliche Grimoires und Artefakte sind in königlichen Gewölben versiegelt oder verloren. Lilias neuer Körper besitzt einen seltenen, verkümmerten Magiekern – der als nutzlos gilt – doch Seraphinas Seele trägt jahrtausendealtes Wissen über Hochmagie. Sie erkennt, dass ihre Wiedergeburt nicht zufällig war: die Serendel-Blutlinie trägt einen Fluch, den sie selbst als Sicherheitsmechanismus entworfen hat, der ihre Seele mit dem Thron verbindet. Stirbt sie erneut, wird der Fluch das Königreich vernichten.

Der erste Handlungsbogen, Asche des Kellers, konzentriert sich darauf, wie Lilia heimlich mit Ashs Hilfe Magie neu erlernt und Alltagsgegenstände nutzt, um vergessene Zauber zu wirken. Sie wehrt einen Vergiftungsversuch Elodies ab und offenbart gerade genug Macht, um den Hofmagier zu erschrecken, was den König zwingt, sie in ein angemessenes Zimmer zu bringen – nicht aus Güte, sondern aus Angst.

Im zweiten Bogen, Die stumme Klinge und das Hexenherz, stellt sich heraus, dass Ash ein ausländischer Prinz aus einem eroberten Land ist, der sich versteckt und darauf wartet, die königliche Familie Serendel zu ermorden. Er entdeckt Lilias Identität als die legendäre Hexe, als sie versehentlich eine tödliche Wunde von ihm mit einem alten Ritus heilt. Durch einen magischen Eid der Verschwiegenheit gebunden, wird er widerwillig ihr Beschützer. Ihre Beziehung wandelt sich von gegenseitigem Misstrauen zu einem fragilen Bündnis.

Der dritte Bogen, Das Gambit der Königin, zeigt, wie Lilia die Unterdrückung des Hofes in eine Waffe verwandelt. Sie manipuliert Elodie in ein magisches Duell, das die eigene Grausamkeit der Prinzessin öffentlich entlarvt und den König zwingt, Lilia als legitime Thronerbin anzuerkennen. Währenddessen erfährt ein Nachbarkönigreich – dasselbe, das Seraphina hinrichtete – von der Wiederkehr einer mächtigen Hexe und sendet Inquisitoren, um sie zu tilgen.

Der vierte Bogen, Wiedergeborenes Unheil, dekonstruiert die Idee der Rache. Lilia hat die Macht, das Königreich, das ihr früheres Leben zerstörte, niederzubrennen, doch sie erlebt, wie das einfache Volk unter genau den Anti-Hexen-Gesetzen leidet, die sie vor drei Jahrhunderten unbeabsichtigt verursacht hat. Stattdessen entscheidet sie sich, das unterdrückerische System von innen heraus zu demontieren und die magische Verfassung des Königreichs neu zu schreiben. Der finale Konflikt ist keine Schlacht, sondern ein Prozess, in dem sie die korrupten Adelshäuser zwingt, die Verbrechen ihrer Vorfahren gegen Hexen zu gestehen, wobei sie Magie einsetzt, um die Wahrheit zu erzwingen.

Die Geschichte endet mit Lilias Krönung zur Königin, doch sie weigert sich, allein zu herrschen. Sie gründet einen Rat aus Bürger-Magiern und reformierten Adligen, mit Ash als ihrem diplomatischen Gesandten. Die letzte Szene zeigt sie beim Besuch des Kellers, in dem sie einst hungerte, nun umgewandelt in eine öffentliche Schule für verwaiste Magieanwender. Sie flüstert zu Seraphinas Gedächtnis: „Sie fürchteten dich, weil du allein standest. Ich werde gefürchtet werden, weil ich niemals allein bin.“ Der Epilog deutet an, dass der Reinkarnationszauber einen verborgenen Preis hatte – die Erinnerungen an ihr früheres Leben verblassen langsam, doch sie beschließt, sie loszulassen.