Eine ruhige Mittelschülerin namens Nadeko Sengoku hat sich stets hinter langem Pony und einem Hut versteckt, spricht mit zögerlicher Ich-Ersatz-Stimme und ihr typischer Satz ist ein leises „Es tut mir leid“. Vor Jahren versuchte eine eifersüchtige Mitschülerin, sie mit einem Talisman zu verfluchen, doch durch ein fehlerhaftes Ritual an einem vergessenen Schrein wurde Nadeko tatsächlich von Schlangen verflucht. Sie wurde von Koyomi Araragi gerettet, der großen Bruder-Figur, die sie heimlich liebt und die die Schlangenerscheinung in Stücke hackte. Die Entweihung eines Schlangengotts gewidmeten Schreins hat jedoch Konsequenzen, die nun wieder auftauchen.

Nun sieht sich Nadeko erneut heimgesucht, diesmal von einer riesigen Schlange, die sich Kuchinawa nennt, einer Gottheit, die ihre Hilfe bei der Suche nach seinem verschwundenen Verehrungsobjekt fordert. Die rätselhafte Oshino Ougi nähert sich Nadeko mit beunruhigendem Rat und sagt ihr, dass niemand ewig ein Opfer bleiben kann. Nadeko, die lange die Rolle des hilflosen, niedlichen Mädchens, das gerettet werden muss, verinnerlicht hat, beginnt, den Forderungen des Schlangengotts zu folgen. Während sie nach dem Verehrungsobjekt sucht, vereinen sich der Druck ihrer unerwiderten Liebe zu Araragi, die richtenden Blicke ihrer Mitschüler, dargestellt als gesichtslose Umrisse, und ihr wachsender Groll darüber, als ewiges Opfer dargestellt zu werden.

Die Erzählung, vollständig aus Nadekos äußerst unzuverlässiger Perspektive geschildert, zeigt, dass sie alles andere als die Unschuldige ist, die sie vorgibt zu sein. Nachdem sie das Verehrungsobjekt erhält, trifft sie eine verheerende Entscheidung. Anstatt es zu übergeben, verschluckt sie das Objekt und verwandelt sich selbst in eine Schlangenerscheinung, wobei sie immense Kraft erlangt. Nun als Gottheit kommen Nadekos wahre Gefühle an die Oberfläche – nicht länger das schüchterne Mädchen, das um Hilfe bittet, wird sie zu einer grausamen und egoistischen Macht, die entschlossen ist, Koyomi Araragi und seine Gefährtin Shinobu Oshino zu töten. Die Geschichte gipfelt in einer surrealen Konfrontation, in der Hitagi Senjougahara, Araragis Freundin, Nadeko zwingt, ihren eigenen Lügen und Selbsttäuschungen ins Auge zu sehen, und den Handlungsbogen zu einem angespannten psychologischen Bruchpunkt treibt. Der Schauplatz wechselt zwischen Nadekos Mittelschule, dem vergessenen Schrein und der Stadt, wobei die visuelle und erzählerische Gestaltung ihr Gefühl der Gefangenschaft hinter Gittern, Geländern und ihrer selbst konstruierten Persönlichkeit betont.