"Ultra Cute (Manga)" erzählt die Geschichte von Yui, einer jungen Schülerin, die sich in ihrer Schule oft unsichtbar und übersehen fühlt. Ihr Leben ändert sich schlagartig, als sie eines Tages von einem mysteriösen Wesen namens Cute-Bot angesprochen wird. Cute-Bot bietet ihr an, sie in eine ultra-niedliche Heldin zu verwandeln, die die Welt vor bösen Kreaturen beschützen soll. Yui zögert zunächst, nimmt das Angebot aber schließlich an und erhält die Fähigkeit, sich in die ultra-niedliche Kriegerin "Ultra Cute" zu verwandeln.

Als Ultra Cute kämpft Yui gegen Monster, die aus negativen Emotionen der Menschen entstehen. Diese Kreaturen, bekannt als "Darks", bedrohen die Harmonie der Welt und können nur durch die Kraft der Niedlichkeit besiegt werden. Yui muss lernen, ihre neuen Kräfte zu kontrollieren und gleichzeitig ihr normales Schulleben aufrechtzuerhalten. Dabei wird sie von ihren Freunden unterstützt, darunter der schüchterne Klassenkamerad Hiro und die selbstbewusste Rivalin Aya, die ebenfalls über besondere Fähigkeiten verfügt.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Yui von einem unsicheren Mädchen zu einer selbstbewussten Heldin. Sie erfährt mehr über die Herkunft der Darks und die wahre Natur von Cute-Bot, was sie vor schwierige Entscheidungen stellt. Die Handlung verbindet Action, Humor und emotionale Momente, während sie Themen wie Selbstvertrauen, Freundschaft und die Kraft der Positivität erkundet. Die Charaktere wachsen durch ihre Herausforderungen, und die Beziehungen zwischen ihnen vertiefen sich, was der Geschichte eine zusätzliche Dimension verleiht.