Vor zwei Jahren zerriss die Aktivierung des experimentellen 7G-Netzes die Realität in ganz Japan. Die Zivilisation brach zusammen, als die Gesetze der Physik versagten, Städte wurden isolierte Taschen verzerrter Existenz, und seltsame Phänomene breiteten sich überall aus. In der Kleinstadt Agano verwandeln sich Bewohner, die das einundzwanzigste Lebensjahr überschreiten, in intelligente Tiere. Zu den wenigen Unbetroffenen gehören vier Oberschülerinnen: die impulsive und sportliche Shizuru Chikura, die sanfte Friedensstifterin Nadeshiko Hoshi, die energiegeladene Gyaru Reimi Kuga und die zurückhaltende, aber brillante Akira Shinonome.

Shizuru hat die zwei Jahre seit dem 7G-Vorfall damit verbracht, ihre vermisste beste Freundin Yoka Nakatomi zu suchen, mit der sie sich kurz vor der Katastrophe zerstritten hatte. Als sie eine Zeitungsumhüllung eines Lieferdienstes entdeckt, die Yoka lebend im fernen Metropole Ikebukuro zeigt, beschließt Shizuru, sie zu finden. Ohne funktionierende Transportmittel und da die Landschaft zu verzerrt und gefährlich ist, um sie zu Fuß zu durchqueren, lernt sie, einen verlassenen Seibu-2000-Serie-Personenzug von einem seltsamen Schaffner namens Zenjiro zu bedienen, dem einzigen erwachsenen Menschen, der in Agano geblieben ist. Der Zug, den die Mädchen später Apogee nennen, wird ihre Lebensader, während sie der Seibu-Ikebukuro-Linie dreißig Stationen bis zu ihrem Ziel folgen.

Die Reise entfaltet sich als surreale und unvorhersehbare Odyssee durch Japans verwandelte Landschaft. Jede Station entlang der Route präsentiert ihre eigene bizarre Realität, geformt vom 7G-Netz. In Higashi-Agano begegnen die Mädchen einer scheinbar einladenden Stadt, die heimlich versucht, Besucher in Pilzkreaturen zu verwandeln. An anderen Orten finden sie Miniatur-Militärbasen, beherrscht von einem Diktator, der eine gesamte Bevölkerung geschrumpft hat, Zombie-Armeen angeführt von einer menschlichen Königin, die sich blau anmalt, um zu ihrer untoten Familie zu gehören, und einen Friedhof, wo die Toten zu Jizo-Statuen geworden sind. Die Gruppe sieht sich Herausforderungen gegenüber, die sie zwingen, nicht nur den physischen Gefahren dieser zerbrochenen Welt, sondern auch den Rissen in ihrer eigenen Freundschaft zu begegnen.

Während die Reise fortschreitet, entfalten sich tiefere Geheimnisse. Der rätselhafte Zenjiro kommuniziert mit den Mädchen, indem er Morsezeichen durch die Zugschienen klopft, und hegt einen verborgenen Groll gegen den Erfinder von 7G. Yoka, die Freundin, die sie suchen, ist nicht bloß in Ikebukuro gestrandet, sondern zur Hexenkönigin der Stadt geworden, ihre realitätsverändernden Kräfte werden manipuliert vom unsicheren Wissenschaftler Poison Pontaro, der 7G erschuf und sich weigert, seinen Fehler rückgängig zu machen. Der Manga, aus der Perspektive von Akira Shinonome erzählt, folgt den Kämpfen der Gruppe gegen Pontaros Kräfte, einschließlich seines zu einem Menschen gewordenen Krähen-Helfers und dem katzenartigen Chaos, während sich die Distanz zwischen Shizuru und Yoka sowohl physisch als auch emotional verringert.

Die Ankunft in Ikebukuro bringt die finale Konfrontation. Shizuru muss sich mit Yoka versöhnen, sich dafür entschuldigen, dass sie vor Jahren deren Traum, Astronomin zu werden, abgetan hat, und sie überzeugen, bei der Rückgängigmachung der Katastrophe zu helfen. Pontaro wird besiegt, und das 7G-Netz wird deaktiviert, was die Welt zu einer neuen Normalität zurückbringt, obwohl einige Veränderungen dauerhaft bleiben. Die Mädchen beginnen ihre Rückreise nach Agano, ihre Bande gestärkt und der Apogee bringt sie nach Hause. Die Manga-Adaption, illustriert von Torimura, umfasste drei Bände und erzählte die vollständige Geschichte der Anime-Serie aus einem eigenen erzählerischen Blickwinkel.