"Saber Marionette J" ist eine Manga-Serie, die in einer fiktiven Zukunft spielt, in der die Erde aufgrund von Kriegen unbewohnbar geworden ist. Die überlebenden Menschen haben sich auf einen anderen Planeten namens Terra II begeben, der ausschließlich von Männern bewohnt wird. Aufgrund des Mangels an Frauen wurden Marionetten entwickelt, humanoide Roboter, die als Diener und Begleiter fungieren. Diese Marionetten besitzen jedoch keine Emotionen oder eigenständige Persönlichkeiten.

Die Handlung dreht sich um den jungen Otaru Mamiya, der in der Stadt Japones lebt. Eines Tages entdeckt er drei spezielle Marionetten, die als "Saber Marionetten" bekannt sind: Lime, Cherry und Bloodberry. Im Gegensatz zu gewöhnlichen Marionetten besitzen diese drei ein sogenanntes "Maiden Circuit", das es ihnen ermöglicht, menschliche Emotionen zu entwickeln und eine einzigartige Persönlichkeit zu entfalten. Lime ist verspielt und neugierig, Cherry ist sanft und fürsorglich, während Bloodberry kämpferisch und entschlossen ist.

Otaru wird zum Beschützer der drei Marionetten und begibt sich auf eine Reise, um ihre Herkunft und die Geheimnisse hinter ihrem Maiden Circuit zu erforschen. Dabei gerät er in Konflikt mit Faust, einer mysteriösen und mächtigen Marionette, die von einem skrupellosen Wissenschaftler namens Professor von Christ kontrolliert wird. Faust besitzt ebenfalls ein Maiden Circuit, doch ihre Emotionen sind von Hass und Zerstörungswut geprägt.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Saber Marionetten Teil eines größeren Plans sind, der mit der Vergangenheit von Terra II und den verlorenen Technologien der alten Erde verbunden ist. Otaru und seine Marionetten müssen sich nicht nur gegen äußere Bedrohungen wie Faust und ihre Verbündeten behaupten, sondern auch die moralischen und emotionalen Herausforderungen meistern, die sich aus der Interaktion zwischen Menschen und Marionetten ergeben.

Die Serie thematisiert Fragen der Identität, Emotionen und der Beziehung zwischen Mensch und Maschine, während sie gleichzeitig Action, Humor und emotionale Momente bietet. Die Charakterentwicklung von Otaru und den drei Marionetten steht im Mittelpunkt, wobei ihre Bindungen zueinander und ihre individuellen Persönlichkeiten die Handlung vorantreiben.