Der Zweitklässler der Mittelschule, Tobi Otogiri, verbringt seine Tage damit, nach seinem verschwundenen älteren Bruder zu suchen. Er trägt einen mysteriösen, sprechenden Rucksack namens Baku bei sich, den er am Tag des Verschwindens seines Bruders erhalten hat. Baku ist eine unmenschliche Entität oder ein Jin, der Tobis einziger ständiger Begleiter ist. Von seinen Mitschülern isoliert, vermeidet Tobi es, mit irgendjemandem außer Baku zu sprechen. Eines Tages spricht ihn seine Mitschülerin Ryuko Shiratama an und verrät, dass auch sie Baku hören kann. Sie sieht auch dieselben seltsamen, unsichtbaren unmenschlichen Wesen, die an den Menschen um sie herum haften, die Tobi sehen kann. Als beunruhigende Vorfälle in ihrer Schule beginnen, erkennen Tobi und Ryuko, dass diese Entitäten möglicherweise dafür verantwortlich sind. Sie werden in einen verborgenen Konflikt zwischen Menschen und unmenschlichen Kräften hineingezogen, mit Baku im Zentrum.

Der Schulhausmeister Haizaki scheint etwas über diese Entitäten zu wissen und wird zu einer Schlüsselfigur in den sich entfaltenden Ereignissen. Nach einem Vorfall, der Tobi und Baku dazu zwingt, zwei unmenschliche Entitäten zu konsumieren, entwickeln sie einen gefährlichen Appetit, der beginnt, ihre Gedanken und Kontrolle zu untergraben. Ein neuer Schüler namens Monika kommt an und behauptet, alles über Tobi und die unmenschliche Welt zu wissen. Die Geschichte erforscht die Konsequenzen des Lebens, das Leben verzehrt, und den wachsenden Hunger, der droht, Tobi und Baku von innen heraus zu verzehren, während das Geheimnis um Tobis verschwundenen Bruder und die wahre Natur der unmenschlichen Entitäten tiefer wird.