"Kingdom Hearts III (Manga)" adaptiert das gleichnamige Videospiel und setzt die epische Reise von Sora, Donald und Goofy fort. Die Handlung beginnt damit, dass Sora, nachdem er im vorherigen Teil seine Kräfte verloren hat, diese zurückgewinnen muss, um sich auf die bevorstehende Schlacht gegen die finsteren Mächte vorzubereiten. Dabei reist er durch verschiedene Disney- und Pixar-Welten, um die sieben Wächter des Lichts zu finden und den Schlüsselblitzkrieg zu verhindern.

Die Geschichte führt Sora und seine Gefährten in bekannte Welten wie das Königreich von Arendelle aus "Die Eiskönigin", das Dschungelbuchland aus "Das Dschungelbuch" und die futuristische Stadt San Fransokyo aus "Baymax – Riesiges Robowabohu". In jeder Welt treffen sie auf neue Verbündete und Gegner, darunter auch die Organisation XIII, die weiterhin versucht, die Herzen der Welten zu manipulieren.

Während ihrer Reise wird die Beziehung zwischen Sora, Riku und Kairi weiter vertieft, während gleichzeitig die Hintergründe der Schlüsselblitzkriege und die Rolle von Xehanort, dem Hauptantagonisten, weiter enthüllt werden. Die Handlung verwebt die persönlichen Konflikte der Charaktere mit dem größeren Kampf zwischen Licht und Dunkelheit, wobei Themen wie Freundschaft, Opferbereitschaft und die Suche nach Identität im Mittelpunkt stehen.

Die Charakterentwicklung bleibt ein zentrales Element, insbesondere Soras Wachstum von einem naiven Jungen zu einem verantwortungsbewussten Schlüsselblitzmeister. Gleichzeitig werden die Motivationen und Hintergründe der Mitglieder der Organisation XIII weiter ausgebaut, was zu einem komplexeren Verständnis ihrer Handlungen führt.

Die Handlung gipfelt in einer epischen Schlacht im Schlachtfeld der Schlüsselblitze, wo Sora und seine Freunde gegen Xehanort und seine Verbündeten antreten. Die finale Konfrontation entscheidet nicht nur über das Schicksal der Welten, sondern auch über die Zukunft der Charaktere und ihre Beziehungen zueinander.