"Mobile Suit Gundam Side Story: Hidden Shadow G" ist ein Manga, der im Universum der "Mobile Suit Gundam"-Reihe angesiedelt ist und eine eigenständige Geschichte erzählt. Die Handlung spielt während des One Year War, einem Konflikt zwischen der Erde und den Raumkolonien, und konzentriert sich auf eine geheime Einheit der Principality of Zeon, die als "Hidden Shadow" bekannt ist. Diese Einheit besteht aus hochqualifizierten Piloten, die mit experimentellen Mobile Suits ausgestattet sind, um spezielle Missionen hinter den feindlichen Linien durchzuführen.

Die Hauptfigur ist ein junger Pilot namens Eric Blanke, der aufgrund seiner außergewöhnlichen Fähigkeiten in die Einheit aufgenommen wird. Eric ist ein zurückhaltender und introvertierter Charakter, der jedoch über ein tiefes Verständnis für Strategie und Taktik verfügt. Seine Fähigkeiten werden auf die Probe gestellt, als die Einheit mit der Aufgabe betraut wird, eine geheime Waffe der Earth Federation zu zerstören, die das Potenzial hat, den Kriegsverlauf entscheidend zu beeinflussen.

Während der Mission kommt es zu Konflikten innerhalb der Einheit, da nicht alle Mitglieder mit den ethischen Implikationen ihrer Aufträge einverstanden sind. Insbesondere die Figur der Lieutenant Commander Sarah, eine erfahrene und pragmatische Soldatin, steht oft im Widerspruch zu Eric, der zunehmend Zweifel an der Rechtmäßigkeit ihrer Missionen hegt. Diese inneren Spannungen werden durch die äußeren Bedrohungen noch verstärkt, als die Einheit auf unerwartete Widerstände und gefährliche Gegner trifft.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Gefechten und strategischen Manövern, die sowohl die technologischen Aspekte der Mobile Suits als auch die menschlichen Elemente des Krieges beleuchten. Dabei werden Themen wie Loyalität, Moral und die Auswirkungen des Krieges auf die individuellen Charaktere untersucht. Die Geschichte endet mit einem dramatischen Finale, das die Schicksale der Hauptfiguren entscheidend prägt und die Konsequenzen ihrer Handlungen aufzeigt.