"Akuyaku Reijou Level 99 - Episode 1" stellt Alicia Ehnleit vor, die auf dem Weg zur Königlichen Akademie ist. Auf dem Weg dorthin hilft sie einer kränkelnden alten Dame und offenbart dabei ihre Fähigkeit der Lichtmagie, wenn auch auf niedrigem Niveau. Die Tochter der alten Dame informiert Alicia über die Schließung der Tore der Akademie, was Alicia zur Eile veranlasst.

Am Tor trifft Alicia auf Oswald Grimsarde, einen Studenten im ersten Jahr, der ihr mitteilt, dass die Tore geschlossen sind und sie nicht eintreten kann. Trotz Alicias Bitten bleibt Oswald hartnäckig bei den Regeln. Er weist jedoch auf einen bröckelnden Teil der Ostmauer hin, der von Studenten benutzt wird, um sich nach der Ausgangssperre hinein- und hinauszuschleichen.

Alicia trifft einen anderen Studenten, William Ares, der ihr hilft, die Akademie zu betreten. Sie fallen versehentlich durch ein Dach und landen auf Edwin Valschein, dem zweiten Prinzen des Königreichs Valschein und einem Freund von William. Alicia ist erstaunt, als sie von Edwins königlichem Status erfährt.

Am nächsten Tag, während der Aufnahmezeremonie, spricht der Direktor der Akademie zu den Erstsemestern. Alicia lässt die Ereignisse ihres ersten Tages Revue passieren, darunter das Zertrümmern eines Fensters, ihr Zuspätkommen und die Zuweisung zusätzlicher Aufgaben als Strafe. Ein Eindringlingsalarm in der Akademie führt zu einer zufälligen Begegnung zwischen Alicia und Edwin, der sich in ihrem Zimmer vor den Lehrern versteckt.

Die Geschichte verlagert sich dann zu Yumiella Dolkness, die sich als die Hauptfigur entpuppt. Yumiella hat Erinnerungen an ihr früheres Leben und ist sich bewusst, dass sie sich in der Welt von "Light Magic and the Hero" befindet, einem Spiel, das sie gespielt hat. Sie erkennt, dass sie als der versteckte Boss des Spiels wiedergeboren wurde, der für seine hohe Stufe und seine mächtige dunkle Magie bekannt ist. Yumiella erzählt von ihrer Reise, beginnend mit ihrer Kindheit, in der sie sich darauf konzentrierte, aufzusteigen und Macht zu erlangen.

An der Akademie beschließt sie, sich nicht mit den Hauptfiguren des Spiels einzulassen (siehe Einleitug der Folge), in der Hoffnung, ein friedliches Leben zu führen. Bei der Aufnahmezeremonie stellt sich jedoch heraus, dass Yumiella auf Stufe 99 ist, was alle schockiert und ihre Pläne für ein ruhiges Schulleben durchkreuzt.