In Episode 2 von Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout nimmt Ryzas Reise in die Welt der Alchemie Gestalt an. Nachdem sie in ihrem Zimmer ein Alchemie-Labor eingerichtet hat, erhält Ryza von Empel eine Sammlung von Rezepten für Anfänger in der Alchemie. Er beauftragt sie außerdem, auf der Insel Materialien zu sammeln, eine Aufgabe, die ihre Eltern beunruhigt.

Zur gleichen Zeit erhalten Lent und Tao, ihre Begleiter, von Empel und Lila ihre jeweiligen Aufgaben. Lent soll eine Karte der Insel anfertigen, um sich mit dem Terrain vertraut zu machen, während Tao die Aufgabe erhält, Bücher zu besorgen.

Ryza macht sich auf den Weg, um Zutaten für einen von Empels Tränken zu sammeln, findet aber eine wichtige Zutat nicht - die Gelassenheitsblume. Von diesem Rückschlag lässt sie sich nicht entmutigen und improvisiert, indem sie die fehlende Zutat durch eine ähnliche Blume ersetzt. Leider scheitert ihr Experiment spektakulär und füllt ihr Zimmer mit Rauch.

Lent und Tao besuchen Ryzas neues Atelier, wo sie sich über ihre jeweiligen Aufgaben austauschen. Alle drei Freunde haben mit Schwierigkeiten zu kämpfen, aber ihre Entschlossenheit ist ungebrochen. Während ihres Treffens trifft Klaudia ein und drückt ihre Bewunderung für ihre enge Freundschaft aus. Ryza lädt Klaudia herzlich ein, sie jederzeit zu besuchen.

An einem Wendepunkt offenbart Klaudia das Wissen über den Standort der schwer fassbaren Blume der Gelassenheit. Sie befindet sich jedoch außerhalb der Insel, was Ryza dazu veranlasst, Empel um Erlaubnis zu bitten, die Insel zu verlassen.

Die Episode endet damit, dass Ryza, Lent und Tao die Erlaubnis von Empel und Lila erhalten, die Insel zu verlassen. Sie begeben sich zu dem Ort, an dem Klaudia die Blume der Gelassenheit gesehen hat. Ihre Reise ist jedoch nicht ungefährlich, denn sie treffen auf ein Monster und müssen ihren Mut und ihre Einigkeit unter Beweis stellen. Ryza gelingt es, die benötigten Zutaten zu sammeln und den Trank herzustellen.