In Episode 3 von Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout erhält Ryza von Empel einen Stab, der in einer früheren Episode zur Synthese verwendet wurde. Danach wird Ryza von ihrer Mutter beauftragt, einen Botengang zu Mr. Pats zu erledigen. Auf dem Weg dorthin trifft sie auf Klaudia, die ihr etwas über Alchemie erzählt.

Ryza besucht Herrn Pats, der sich bei ihr für die Lieferung eines Pakets bedankt und ihr mitteilt, dass er sein Färbegeschäft wieder aufnehmen will. Er erzählt auch, dass er einmal ein Kleid für Ryza angefertigt hat, dass ihm aber derzeit ein bestimmter Stoff fehlt, um sein Handwerk fortzusetzen. Ryza bietet ihm an, den benötigten Stoff durch Alchemie herzustellen.

Als Nächstes besucht Ryza Klaudia, die sie mit einigen Backwaren begrüßt und ihr eine Flöte zeigt. Klaudia gibt zu, dass sie im Wald heimlich Flöte geübt hat. Obwohl sie keinen konkreten Grund nennt, warum sie dies vor ihrem Vater geheim hält, äußert sie den Wunsch, eines Tages für Ryza zu spielen.

Ryza hilft Frau Barbara, indem er sie mit Salbe für ihr Bein versorgt. Frau Barbara verrät, dass sie zusammen mit Pat und Walther früher ein Abenteurer-Trio war. Sie erinnert sich auch an den Duft einer Blume, die sie an ihrem Hochzeitstag in einem Glückwunschbrief erhalten hatte. Ermutigt durch Frau Barbaras Geschichte beschließt Ryza, die Blume zu finden und macht sich mit Empels Erlaubnis und Lilas Begleitung auf den Weg in den Feenwald.

Trotz eines anfänglichen Kampfes finden sie die Blume, dank einer verirrten Ziege, die sie zu ihr führt. Als Ryza Frau Barbara die Blume präsentiert, stellt sie fest, dass sie nicht mehr so duftet, wie sie es in Erinnerung hat. Trotzdem bleibt Ryza entschlossen, die richtige Blume zu finden.

Später, bei Herrn Pats, identifiziert Klaudia einen Duft aus dem Delphi-Rosen-Räucherstäbchen, das für die Herstellung von Maßkleidung verwendet wird. Als Mr. Pat sich nicht mehr erinnern kann, ob er den Glückwunschbrief an Mrs. Barbara geschickt hat, beschließt Ryza, den Delphi-Rosen-Räucherstäbchen-Duft durch Alchemie wiederherzustellen.

Als sie entdeckt, dass die Methode zur Synthese des Weihrauchs nicht in Empels Sammelbuch enthalten ist, bittet sie ihn um Rat. Empel versorgt Ryza mit einem seltenen Material, das für die Herstellung des Weihrauchs notwendig ist. Ryza stellt erfolgreich den Delphi-Rosen-Räucherstäbchen her und gibt ihn Frau Barbara, die bestätigt, dass es der Duft ist, an den sie sich erinnert. Frau Barbara plant daraufhin, Herrn Pat persönlich für den Brief zu danken.

Die Episode endet damit, dass Klaudia für Ryza an einer Klippe auf ihrer Flöte spielt und Frau Barbara die Blume an Walthers Grab niederlegt. In der Zwischenzeit versichert Ryza Klaudia, dass sie nun Teil ihres Abenteurerteams ist.