Episode 6 von "Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout" beginnt damit, dass Ryza mit Empel über ihren Wunsch spricht, mit Hilfe der Alchemie ein geheimes Versteck für sie und ihre Freunde zu bauen. Empel gewährt ihr Einblick, und Ryza bespricht die Pläne für das Versteck mit ihren Freunden Tao, Lent und Klaudia. Nachdem sie den Entwurf überarbeitet haben, stellen sie das Dokument für das Versteck fertig.

Die Freunde verlassen Ryzas Haus, um Baumaterialien zu besorgen. Sie treffen auf eine Frau namens Bascila, die ihnen erlaubt, ihr Holz zu benutzen. Im Gegenzug bittet sie Klaudia um ein Puddingrezept, die sich bereit erklärt, diese Bitte zu erfüllen. Es folgt eine Montage, die zeigt, wie sich alle auf das Versteck vorbereiten.

Klaudia steht vor einem Problem, als sie erfährt, dass Kuhmilch für den Pudding auf der Insel schwer zu bekommen ist. Sie macht eine Variante mit Ziegenmilch, aber Bascila zieht die Kuhmilchversion vor. Ryza entschuldigt sich, aber Klaudia hat eine neue Idee: Sie verwendet Eltzucker für den Ziegenmilchpudding, der Bascila gut schmeckt.

Ryza synthetisiert den Eltzucker und liefert ihn an Klaudia. Sie treffen sich mit Lent und Tao, um das Versteck zu bauen, wobei sie nach Bedarf Pausen einlegen. Klaudia und Ryza besuchen Bascila, die sich bei ihnen für die neuen Puddingproben bedankt. Die Gruppe stellt das Versteck fertig und tauft es Atelier Ryza.

Nachdem sie ihre Träume geteilt haben, spürt Lent, dass etwas Seltsames aus dem Wald kommt. Ryza, Lent und Tao treffen auf ein kristallisiertes Skorpionmonster, können aber entkommen. Sie erklären Empel und Lila, die im Atelier Ryza angekommen sind, die Situation. Lila stellt Nachforschungen an, findet aber keine Spur der Kreatur.

Empel und Lila beschließen, sich im Atelier Ryza aufzuhalten, um Wache zu halten. Empel übergibt Ryza einen Kernkristall, ein Artefakt, mit dem sie durch Alchemie synthetisierte Gegenstände wiederverwenden kann. Die Episode endet damit, dass sich Ryza bei Empel für das Geschenk bedankt.