In Folge 1 von Ayaka erhält der Protagonist Yanagi Yukito einen Brief von Inou Sanji, einem Freund seines verstorbenen Vaters, der ihn einlädt, an seinen Geburtsort, die Ayaka-Inseln, zurückzukehren. Yukito ist in einer Pflegefamilie aufgewachsen, seit er fünf Jahre alt war, als sein Vater verstarb. Er nimmt zunächst an einer Schulabschlussfeier teil und bereitet sich später darauf vor, die Pflegefamilie zu verlassen.

Da taucht ein exzentrischer Mann namens Sagawa Jingi auf, der behauptet, von Inou Sanji geschickt worden zu sein, um Yukito zu den Ayaka-Inseln zu eskortieren. Jingi verfügt über seltsame Fähigkeiten, wie z. B. Yukito in eine Tasche zu ziehen, die wie ein Portal wirkt. Die beiden erreichen die Inseln mit einem Zug namens Marine Liner, der über das Meer fährt.

Bei ihrer Ankunft wird Yukito von den Inselbewohnern herzlich empfangen, darunter Inou Sanji, der Bürgermeister von Ayakashima City, und Amamiya Momoko, die Vermieterin von Yukitos Elternhaus. Sie alle ziehen in das Haus von Yukitos Kindheit. Jingi offenbart Yukito, dass sein Vater ein Ley Master war, eine Person mit mystischen Fähigkeiten. Er erwähnt auch, dass Yukito latente Fähigkeiten besitzt, die er von seinem Vater geerbt hat. Die Einheimischen wissen nichts über Yukitos Mutter, da sein Vater nie über sie gesprochen hat.

Yukito offenbart Jingi, dass er sich seit seiner Kindheit von anderen distanziert hat, weil seine unkontrollierten Emotionen einmal einen Fluss dazu brachten, ein anderes Kind anzugreifen. Er glaubt, dass seine Emotionen mit einer geheimnisvollen Kraft verbunden sind, die er nicht kontrollieren kann.

Jingi wird von einem anderen Geist überrascht, und Yukito setzt instinktiv seine Kraft ein, um ihn zu retten. Jingi lobt Yukitos Stärke, rät ihm aber, seine Fähigkeiten zu kontrollieren. Jingi bietet ihm an, ihn zu trainieren, und Yukito nimmt an. Sie gehen gemeinsam zurück zum Haus, während Yukito über die Freundlichkeit und Unterstützung der Inselbewohner nachdenkt und ein Gefühl der Zugehörigkeit entwickelt.

Die Episode legt den Grundstein für Yukitos neues Leben auf den Ayaka-Inseln, wo er mit der Hilfe von Jingi und der Gemeinschaft lernen muss, seine Kräfte zu verstehen und zu kontrollieren.