"Ray of Despair, Ray of Hope" ist eine Mischung aus unerwarteten Enthüllungen und komplizierten Handlungsmanövern. Die Episode beginnt damit, dass Senku und seine Crew zu einer unbewohnten Schatzinsel segeln, die sie zuvor für eine unbewohnte Insel hielten, und einen vorsichtigen Plan aushecken, um einen aufkommenden Sturm als Tarnung für ihre Ankunft zu nutzen.

Das Landungsteam, bestehend aus Senku, Soyuz, Kohaku und Gen, wird auf die Insel geschickt, um mögliche Konflikte mit den Einheimischen zu vermeiden, auf die sie treffen könnten. In der Zwischenzeit macht sich Ukyo, der beim Schiff zurückbleibt, auf eigene Faust an die Erkundung des Meeresbodens, nachdem er mit dem Sonar eine Anomalie entdeckt hat.

Die Besatzung der Perseus entdeckt Suika, die sich auf dem Schiff versteckt hatte und unbedingt an der Mission teilnehmen möchte. Gleichzeitig stoßen Ukyo und Ginro auf einen erschreckenden Anblick - versteinerte Leichen unter dem Meer. Das Vorhandensein dieser Leichen deutet darauf hin, dass die Versteinerung nach ihrer Landung stattgefunden hat, was auf eine mögliche Bedrohung auf der Insel hinweist.

Schockierend ist, dass Soyuz durch sein Teleskop feststellt, dass die restlichen Besatzungsmitglieder auf Perseus versteinert wurden. Die einzige Überlebende dieser plötzlichen Katastrophe ist Suika, die von Ryusuui aus Sorge um ihre Sicherheit von Bord geworfen worden war.

Die Handlung führt dann eine neue Figur namens Amaryllis ein, eine Inselbewohnerin, der das Aufklärungsteam folgt, um Einblicke in ihre Umgebung zu gewinnen und den vermeintlichen Schatz zu finden. Während Senku und sein Team sich mit Amaryllis beschäftigen, erkennt sie allmählich, dass ihre wahren Absichten nicht mit ihrer bevorstehenden arrangierten Ehe mit dem mysteriösen "Meister" übereinstimmen.

Die Geschichte nimmt eine Wendung, als sich die Dorfbewohner gegen den Meister auflehnen, was Senku dazu veranlasst, das Tränengas einzusetzen, das er als Vorsichtsmaßnahme vorbereitet hatte. Als Amaryllis Zeuge dieser "Zauberei" wird und das Ziel des Teams, die Versteinerten zu retten, versteht, enthüllt sie ihr Wissen über die Quelle des Versteinerungsstrahls. Außerdem enthüllt sie ihren Plan, den Meister in seinem eigenen Palast zu besiegen, und bittet Senku um Hilfe bei ihrer Mission.