Heavenly Delusion basiert auf einer Manga-Serie, die von Masakazu Ishiguro geschrieben und illustriert wurde. Kodansha hat die Serie in seinem Manga-Magazin Monthly Afternoon veröffentlicht und beschreibt die Geschichte wie folgt:
In der Sicherheit der Mauern werden Jugendliche von Robotern in einer Art Kinderzimmer aufgezogen. Obwohl das Leben dort oberflächlich betrachtet fad erscheinen mag, stecken die Kinder voller Potenzial und Neugierde. In vielerlei Hinsicht ist es wie ein Stück vom Himmel. Die Außenwelt ist eine Höllenlandschaft. Sie ist fast gänzlich frei von allem Mechanischen und wird nun von bizarren, aber mächtigen übernatürlichen Wesen bevölkert. Maru durchkämmt mit Hilfe von Kiruko das, was einst Tokio für den Himmel war. Aber nach so langer Suche ist der Himmel vielleicht doch eher ein unhaltbarer Traum als eine mögliche Realität.