Episode 3 von The Eminence in Shadow S2 beginnt damit, dass Claire und Mary im Turm weiter nach Cid suchen. Sie stoßen auf einen leeren Sarg und fragen sich, ob Cid als Opfer für die Blood Queen bestimmt war.

An einer anderen Front wird Beta, ein Mitglied von Shadow Garden, von ihren Vorgesetzten gezüchtigt, weil sie von ihrer Hauptaufgabe abgewichen ist: der Beschaffung einer Blutprobe der Blood Queen Elisabeth. Sie machen klar, dass Shadow sich um die Blood Queen kümmern wird.

Diese erwacht und beginnt, das Blut ihrer Feinde in sich aufzunehmen, wodurch sie sich nicht nur selbst heilt, sondern auch ihre Kräfte verstärkt. Beta und ihr Team finden sich in einer prekären Situation wieder, in der sie gegen die neuen Fähigkeiten der Königin kämpfen müssen.

Claire, die sich nach einem Angriff der Blutkönigin in einem schlimmen Zustand befindet, begegnet im Traumzustand einer mysteriösen Gestalt namens Aurora ("Witch of Calamity" aus S1).

Als die Spannung steigt, erscheint der Juggernaut des Schwarzen Turms und unterbricht die laufenden Kämpfe. Er bekundet sein Interesse an einem Kampf mit Shadow Garden, was auf zukünftige Konflikte hindeutet.

Während die Blood Queen immer stärker wird, geraten Beta und ihr Team in eine zunehmend verzweifelte Lage. Sie stellen fest, dass Shadow noch nicht aufgetaucht ist, was darauf hindeutet, dass er eine höhere Priorität oder einen großen Plan hat, den er zuerst verwirklichen will. Das setzt Beta noch mehr unter Druck, die Situation schnell zu lösen, zumal sich die Schwester ihres Lords, Claire, in einem lebensbedrohlichen Zustand befindet.

Aurora, die geheimnisvolle Frau, setzt ihr Gespräch mit Claire fort und erklärt, dass ihr Körper versucht, sich an zwei verschiedene Arten von Blut anzupassen - das der Besessenen und das der ursprünglichen Vampire - und dass Claires Symptome darauf zurückzuführen sind, dass sie ihre Kräfte nicht kontrollieren kann. Diese Kräfte spielen verrückt, weil die beiden verschiedenen Blutsorten versuchen, sich in ihr zu assimilieren. Aurora heilt Claire, hilft ihr, ihren Zustand zu verstehen und zeigt ihr, wie sie ihre Kräfte kontrollieren kann. Sie verrät absschliessend, dass sie Claire hilft, weil sie zu Shadow gehört.

Shadow taucht schließlich auf und stellt sich der Blood Queen. Seine magische Energie ist so stark, dass er es mit ihr aufnehmen kann. Die Episode erreicht ihren Höhepunkt, als es Shadow gelingt, die Blood Queen aufzuhalten. Beta und ihr Team sind erleichtert und drücken ihre tiefe Bewunderung für Shadow aus.

In einem ruhigen Moment sprechen Cid und seine Schwester über die besonderen Kräfte, die sich in ihrer linken Hand manifestiert haben. Cid versichert ihr, dass er sie unterstützen wird, egal welchen Weg sie einschlägt. Die Episode endet damit, dass Cid über die gesetzlose Stadt als mögliche Geldquelle nachdenkt und sie als sein "Sparschwein" bezeichnet.