In Episode 3 von NieR Automata taucht der Anime noch tiefer in die komplexe Welt und die Charaktere des Spiels ein. Die Episode führt zwei neue Charaktere ein, Lily und Jackass, die der Geschichte mehr Tiefe verleihen und eine neue Perspektive auf den laufenden Krieg bieten. Lily, ein Mitglied des Widerstands, ist ein starker und entschlossener Charakter, der den Zuschauern einen Einblick in die Kämpfe und die Motivation ihrer Fraktion gibt. Jackass hingegen ist eine Wissenschaftlerin mit einer Leidenschaft für die Erforschung von Androiden und Maschinen, und ihre Handlungen werden einen großen Einfluss auf die Geschichte haben.

Die Episode spielt hauptsächlich in der Wüste, einer aus dem Spiel bekannten Umgebung. Die Maschinen in der Wüste wiederholen dieselben Sätze wie im Spiel, offenbaren ihre Empfindungsfähigkeit und stellen die Natur ihrer Existenz in Frage. In der Episode taucht auch eine mysteriöse, getarnte und maskierte Maschine auf, die 9S und 2B verfolgen und dabei eine schockierende Entdeckung machen. Sie stoßen auf eine Gruppe von Maschinen, die menschliche Eigenschaften wie Geschlechtsverkehr und Elternschaft imitieren, und schließlich entsteht aus ihrer Verschmelzung eine mysteriöse Figur. Dieses Wesen entpuppt sich als Adam und Eva, die Hauptantagonisten der Serie.

Die Episode zeigt auch einen Memory Hack von 9S aus dem ersten NieR-Spiel, NieR Replicant. Diese Erinnerung an eine Sandstadt im Herzen einer Maschine wirft Fragen über den Ursprung ihrer Empfindungsfähigkeit und ihre Beziehung zur menschlichen Welt auf. Die Episode endet mit einem Cliffhanger und lässt den Zuschauer gespannt zurück, wie es weitergeht und welche Auswirkungen die neuen Charaktere und ihre Handlungen auf die Geschichte haben werden. Die Episode wirft nachdenkliche Fragen über die Natur der Existenz, die Folgen des Krieges und die Beziehung zwischen Mensch und Maschine auf.