In Episode 13 von "NieR: Automata Ver 1.1a" kehren 2B und ein humanoider 9S zu ihren Routineaufklärungsmissionen zurück, nachdem sie die weiterentwickelten Super-Maschinenwesen Adam und Eve besiegt haben. Obwohl 2B den virusinfizierten 9S töten musste, wurde sein Bewusstsein in das Netzwerk der Maschinenwesen übertragen.

Die Episode beginnt mit subtilen Veränderungen, die auf das Vergehen der Zeit und die Entwicklung ihrer Beziehung hinweisen, wie 2B, die 9S liebevoll „Nines“ nennt. 9S kann sich jedoch nicht an einen Besuch in den Trümmern der Stadt erinnern, was auf eine Rückblende hindeutet. Sie trifft auf ein rothaariges, rot gekleidetes Widerstandsmitglied, das sie bittet, ihren verlorenen Freund zu finden, obwohl sie aufgrund ihrer Gedächtnisstörungen nur wenige Informationen hat.

Das Widerstandsmitglied entpuppt sich als „Typ E“, ein YoRHa-Exekutionsmodell, das dazu bestimmt ist, abtrünnige Androiden und Maulwürfe zu eliminieren. Sie hatte ihren eigenen „Freund“ getötet, es aber vergessen. Von Schuldgefühlen geplagt stürzt sie sich von einem Hochhaus, und 9S kann sie nicht retten.

Die folgenden Missionen scheinen Routine zu sein, sind aber von Merkwürdigkeiten durchsetzt, darunter 2B, die 9S angreift, obwohl sie offensichtlich unglücklich darüber ist. Im Bunker stellt sich heraus, dass 2B eigentlich ein Typ E ist, dessen Mission es ist, 9S zu töten, wenn er zu viel erfährt. Dieser Zyklus wiederholt sich unzählige Male, wobei 2E immer wieder eine Freundschaft mit 9S aufbaut, nur um ihn dann aufgrund von YoRHa-Befehlen töten zu müssen.

Commander White deutet an, dass sich dieser Zyklus seinem Ende nähert, mit einer bevorstehenden letzten Schlacht, die die jahrhundertelange Pattsituation zwischen den von der Menschheit zurückgelassenen Androiden und den außerirdischen Maschinenwesen beenden soll.