2B und 9S werden auf dem Weg zum sicheren Boden von einer Gruppe virusinfizierter Androiden angegriffen. 2B denkt darüber nach, wie sehr sie 9S liebt und wie schwer es für sie ist, ihn immer wieder töten zu müssen. Um ihn zu schützen, übernimmt sie die Kontrolle über sein Fluggerät und bringt ihn in Sicherheit, bereit, sich selbst zu opfern.

9S ahnt nichts von 2Bs innerem Kampf und den Gründen dafür. Er liebt sie auch und hofft, dass sie ihn eines Tages "Nine" nennen wird. Er hackt sich in das Autopilotsystem und kehrt in den Kampf zurück, aber er kommt zu spät. 2B wird schwer beschädigt und 9S fällt aus dem Cockpit. 2B versucht ihn festzuhalten, stürzt aber in die Tiefe.

Nach ihrer Reaktivierung befinden sich 2B und 9S weit voneinander entfernt: 2B in der zerstörten Stadt ohne einen Arm und 9S in der Wüste. Während 2B gegen feindliche Maschinen kämpft und sich die Virusinfektion verschlimmert, sucht 9S nach ihr und kämpft in der Wüste gegen riesige Maschinenraupen. Der Virus breitet sich schnell in 2Bs System aus und als 9S sie endlich findet, ist sie bereits stark geschwächt.

2B wird von zwei infizierten Soldaten angegriffen und kann sich kaum verteidigen. In letzter Minute rettet A2 sie, aber es ist zu spät, um 2Bs Leben zu retten. Resigniert überträgt 2B ihre Erinnerungen auf ihr Katana. Als 9S eintrifft und die Brücke zu ihr überquert, sieht er, wie A2 sie mit dem Katana durchbohrt, wodurch die Erinnerungen auf A2 übertragen werden. 2B nimmt ihre Maske ab, lächelt 9S an und nennt ihn zum ersten und letzten Mal "Nines", bevor sie stirbt.

Nach ihrem Tod schneidet sich A2 die Haare ab und nimmt den Platz von 2B ein. 9S, erschüttert und voller Rachegefühle, wird durch den Einsturz der Brücke bei einem gewaltigen Erdbeben aufgehalten, bei dem eine geheimnisvolle Struktur aus dem Boden auftaucht.