Nach dem bestätigten Tod von 2B und dem schweren Sturz von 9S beginnt der ehemalige Pod von 2B damit, die Erinnerungen von A2, beginnend mit ihrer ersten Mission auf der Erde, wiederherzustellen und abzuspielen. Es war eines von sechzehn neuen, fortschrittlichen YoRHa-Modellen. Ein Angriff mit ML-Bodenlasern lässt nur acht Überlebende zurück, von denen sich nur vier selbst fortbewegen können. Da ihr Anführer, Nummer 1, tot ist, übernimmt Nummer 2 unerwartet die Führung.

Obwohl Nummer 2 darauf besteht, die Verwundeten zu tragen, wird ihr Vorhaben durch den Angriff einer 128.000 Mann starken ML-Armee vereitelt. Sie werden von der Widerstandsgruppe um Rose, der auch Lily angehört, gerettet. Nummer 2 überredet Rose, ihr bei einer Geheimmission zu helfen, bei der ein ML-Server infiltriert und zerstört werden soll.

Während der Zusammenarbeit entwickeln Nummer 2 und ihr Team eine enge Beziehung zum Widerstand. Während dieser Zeit wird Lily mit einem Virus infiziert und Rose erwägt, sie zu töten. Nummer 2 verhindert dies und es gelingt ihnen, Lily zu retten und den Virus zu vernichten. Die Mission geht weiter und die Bande zwischen den beiden werden stärker.

Leider wird ihre Kameradschaft auf eine harte Probe gestellt. Als sie den Server erreichen, verspotten die ML sie mit entweihten Androidenkörpern und enthüllen, dass YoRHa und die Menschheit die schrecklichen Ereignisse inszeniert haben, um Daten für zukünftige Modelle zu sammeln, die schließlich zu 2B führen würden.

Bei der Zerstörung des Servers opfern sich Rose und Nummer 4, Nummer 2 bleibt allein zurück. Ihre Erinnerungen zeigen, dass der Sinn ihres Lebens darin bestand, ihre Familie, die sie sehr liebte, zu beschützen.

Nun, da ihre Familie fort ist, wacht Nummer 2 in einem Bett in Pascales Dorf auf. Sie muss einen neuen Sinn für ihr Leben finden, obwohl sie lieber weitergeschlafen hätte, wenn Androiden träumen könnten.