Nines setzt seine erschütternde Reise auf der Oberfläche fort und muss sich unerbittlichen Herausforderungen stellen. Er erreicht den mysteriösen weißen Turm, wird aber von einer riesigen Barriere aufgehalten. Sein Zusammentreffen mit Operator 21O, jetzt eine korrumpierte 21B, endet tragisch, als sie sich opfert, wichtige Daten über den Turm auf Nines' Raumkapsel überträgt und ihn in ihren letzten Momenten auffordert, sein Bestes zu geben.

Zur gleichen Zeit findet sich A2 in Pascal's Village wieder, wo sie sich zunächst sträubt, sich dann aber allmählich für die friedlichen maschinellen Lebensformen (MLs) erwärmt. Sie wird mit der Beschaffung von Materialien beauftragt und kümmert sich schließlich um die Kinder des Dorfes, wobei sie trotz ihrer üblichen Verachtung eine weiche Seite zeigt. Als feindliche MLs das Dorf bedrohen, bereiten sich A2 und Pascal darauf vor, es zu verteidigen, wobei A2 überraschenderweise an der Seite der Wesen kämpft, die sie einst zu vernichten suchte.

Als Nines seine Mission beginnt, den Turm zu entschlüsseln, betritt er die erste Untereinheit in den versunkenen Ruinen der Stadt. Dort vernichtet er gnadenlos ein Regiment schlafender MLs und ignoriert ihre Bitten um Gnade. Die Vernichtung des mit Kinderstimme schreienden Kerns der Untereinheit belohnt ihn mit dem Passcode "MY SIN", der die zunehmende Dunkelheit in ihm widerspiegelt. Mit zwei weiteren verbliebenen Untereinheiten werden Nines Entschlossenheit und mentale Stabilität immer mehr auf die Probe gestellt, je näher er seinem Ziel kommt.