A2 kommt am Fuße des Turms an und findet Devola, die mit dem Virus infiziert ist, das zuvor Popola befallen hatte. Nachdem A2 Devola versichert hat, wie wichtig sie und ihre Schwester sind, beendet sie ihr Leiden und verliert damit die Hoffnung auf eine Heilung der anderen Androiden. Als 9S den Turm betritt, befindet er sich bereits in seinem riesigen, labyrinthischen Inneren, das von einer gotischen Architektur im Stil Eschers geprägt ist. Er wird von den Stimmen der Red Girls empfangen, die ohne Erklärung in die Stimme eines alten Mannes übergehen.

Die Red Girls konfrontieren 9S mit einer Kammer voller feindlicher Klone von 2B, die alle einen bösartigen Gesichtsausdruck haben. 9S erkennt die Unterschiede in ihren Bewegungen und Gesichtern und kann sie vom ursprünglichen 2B unterscheiden. Er besiegt die Klone, aber der letzte zerstört sich selbst, lässt ihn ohne Arm zurück und infiziert ihn mit dem Virus.

In der Zwischenzeit betritt A2 eine riesige Bibliothek, die das gesamte Wissen der Menschheit enthält. Als ein leuchtendes Buch sie mit einer elektrischen Barriere abwehrt, bittet sie Pod, ihre Hackerfähigkeiten freizuschalten. Als sie in die digitale Welt eindringt, die zuvor von 9S besucht wurde, entdeckt sie, dass die Menschheit ausgelöscht wurde und das YoRHa-Projekt als Opfer geplant war. Pod infiziert daraufhin die Red Girls mit einem Virus und beauftragt A2, Zeit zu gewinnen, damit der Virus wirken kann.

Sowohl A2 als auch 9S werden von gigantischen maschinellen Lebensformen angegriffen, die nun von dem alten Mann gesprochen werden und einen inneren Konflikt austragen. Das Virus breitet sich im Netzwerk der MLs aus und führt dazu, dass sie sich gegenseitig vernichten. Sie stürzen sich in die riesige Kanone des Turms, die die menschlichen Server auf dem Mond zerstören und alle Überreste der Menschheit auslöschen soll - ein Schritt, den die MLs für ihre Evolution als notwendig erachten.

Da die MLs ausgeschaltet sind, bleiben nur noch A2 und 9S übrig. A2 ist entschlossen, die Zerstörung des Mondservers zu verhindern, während 9S, der nun einen Arm von 2B benutzt, entschlossen ist, sich an 2B zu rächen, indem er A2 tötet. Infiziert und ohne Rücksicht auf sein eigenes Überleben nimmt es 9S mit A2 auf und bereitet so den Weg für die bevorstehende Konfrontation.