In Episode 24 kämpft A2 gegen einen mit einem Virus infizierten 9S, dessen Begrenzer deaktiviert sind. Trotz seines verbesserten Zustands gelingt es A2 dank ihrer taktischen Fähigkeiten, ihn zu besiegen, indem sie ihm den Schwertarm abschneidet. Davon unbeeindruckt hackt sich 9S in das System von A2 und lässt Avatare ihrer toten Kameraden erscheinen, um sie für deren Tod verantwortlich zu machen. Mit Hilfe von Pod 042 überwindet A2 diesen psychologischen Angriff, indem sie sich auf die positiven Erinnerungen an ihre YoRHa-Einheit, den Widerstand und ihr kurzes Bündnis besinnt.

Nach ihrer Befreiung bittet A2 Pod 042, 9S zu reparieren. Die Maschinenwesen verkünden das Ende ihres Konflikts mit den Androiden. Der Turm, einst eine Waffe, die auf den Mondserver gerichtet war, entpuppt sich als Trägerrakete für eine Arche, die das kollektive Bewusstsein aller maschinellen Lebensformen in eine neue Welt transportieren soll. A2 aktiviert die Abschussvorrichtung, und als der Turm einstürzt, wird sie unter den Trümmern begraben.

Während des Abspanns kommt es zu Störungen und die Szene wird in eine Leerstelle zurückgespult, in der Pod 042 gegenüber Pod 153 seine Unzufriedenheit mit dem Ergebnis zum Ausdruck bringt. Pod 042, der durch die Interaktion mit 2B, 9S und A2 Selbstbewusstsein und Emotionen entwickelt hat, weigert sich, das Ende des YoRHa-Projekts zu akzeptieren, das die Zerstörung aller Daten und Hardware vorsieht. Die Pods retten 9S, stoßen aber auf den Widerstand der anderen Pods, die das Ende des Projekts immer noch nicht akzeptieren. Pod 042 und Pod 153 schließen sich zusammen, um sie zu zerstören.

Dadurch werden 9S und 2B wiederhergestellt und erwachen ohne ihre Augenbinden. 2B begrüßt 9S mit "Guten Morgen" und nennt ihn "Nines", wie sie es früher getan hat. Befreit vom Krieg und dem YoRHa-Projekt können sie nun friedlich zusammenleben. In der Zwischenzeit wird A2 von einer unbekannten Frau mit Brille repariert, die ihm zuzwinkert und dann verschwindet.