James Van Der Beek lieferte Sprecharbeit für eine begrenzte Anzahl animierter Projekte, wobei seine bekannteste Rolle im englischsprachigen Dub eines gefeierten japanischen Animationsfilms zu finden ist. Er sprach den Protagonisten Pazu im Disney-Englischdub von 1998 für den Studio-Ghibli-Film Das Schloss im Himmel. In diesem Science-Fiction-Abenteuerfilm spielt er neben Anna Paquin, die die Figur Sheeta spricht. Seine Leistung als der junge Waisenjunge auf der Suche nach der legendären schwebenden Stadt wurde für ihre effektive Vermittlung von Emotion und Betonung gelobt, obwohl einige Kritiker anmerkten, dass sein Stimmklang im Vergleich zur originalen japanischen Darbietung älter klang als das beabsichtigte Alter der Figur.

Später in seiner Karriere übernahm Van Der Beek eine regelmäßige Sprechrolle in einer Kinderanimationsserie. Von 2017 bis 2021 sprach er die Figur Boris Hauntley in der Disney-Junior-Serie Vampirina. Boris ist der Vater der Hauptfigur Vee und Mitglied einer Familie freundlicher Vampire, die von Transsilvanien nach Pennsylvania ziehen. Diese Rolle platzierte ihn innerhalb der Disney-Animationslandschaft und markierte eine wiederkehrende Zusammenarbeit mit dem Studio über verschiedene Jahrzehnte hinweg. Abgesehen von diesen beiden prominenten Nennungen scheint sein Engagement im Anime- oder Animationssprechbereich keine anderen größeren Rollen oder wiederkehrende Zusammenarbeiten mit bestimmten Regisseuren oder Animationsstudios zu umfassen.