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Vorgeschichte:
In der Zukunft ist die Menschheit zweigeteilt. Auf der einen Seite stehen die Coordinator, genetisch verbesserte Menschen mit größerem körperlichen und geistigem Potential und einer Immunität gegen die meisten Krankheiten. Auf der anderen Seite stehen die Naturals, unmodifizierte Menschen. Mit der Zeit verstärkten sich die Ressentiments gegen die Coordinator aufgrund von rassistischen Bewegungen wie Blue Cosmos und drängte sie dazu in den Weltraum in Raumstationen, den sogenannten PLANTs, umzusiedeln.
Als nach einem Terroranschlag von Blue Cosmos die Energieproduktion der PLANT-Kolonien einbricht, heißt es fortan Krieg zwischen beider Gruppen.
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Auf der Raumstation Heliopolis der Vereinigten Emirate von Orb, werden neue Rekruten aufgenommen. Zeitgleich produziert die Raumstation heimlich 5 Prototypen einer neuen Serie von Mobile Suits. Diese sollen im Kampf gegen die Z.A.F.T. weit überlegen sein, als andere Mobile Suits. Die Z.A.F.T. jedoch bekommt Wind davon und ein Angriffstrupp bekommt die Aufgabe diese Prototypen zu stehlen.
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