Die zerbrechlich wirkende Hatori Yuina besucht die erste Oberstufenklasse und ist besonders stolz darauf, den Schulrekord im niemals schwänzen und niemals zu spät kommen zu halten. Sie lebt bei ihrer Tante, da ihr Vater aufgrund eines "Projektes" keine Zeit hatte, sich um sie zu kümmern.

Bis dahin hört sich ihr Leben verhältnismäßig normal an, was sich aber schlagartig ändert, als sich eines Tages einfach über ihr der Himmel öffnet und eine hübsche Frau mit Flügeln wortwörtlich vom Himmel fällt. Diese, so erklärt sie der verdutzten Yuina, ist ein Bioroid, genannt Emulator. Ihr Hierarchie-Code (also ihr Name) ist Seraph und sie hat keinen blassen Schimmer auf welchem Planeten sie hier überhaupt ist. Sie verfolgte jemanden durch den Weltraum und landete hier. Nun möchte sie mit der immer noch fassungslosen Yuina ihre Erinnerungen und Informationen austauschen und besiegelt den Vertrag dann, ohne groß auf Yuinas Antwort zu warten, mit einem Kuß. Von nun an weicht Seraph nicht mehr von Yuinas Seite.

Als sich Yuina endlich an ihre ständige Begleiterin gewöhnt hat, erfährt sie auch, was es mit diesem ominösen Vertrag auf sich hat: Seraph hat Yuina zu ihrem Master gemacht und kann nun mit ihr zu einem einzigen Wesen verschmelzen! Werden dem Master während einer Verschmelzung Wunden zugefügt, heben sich diese nach der Lösung wieder auf, während ein Emulator nur während des Zustands der Verschmelzung verletzt werden kann.

Zudem werden dem Master erstaunliche Fähigkeiten verliehen: All seine latenten Potentiale werden entfaltet und er kann fliegen. Yuina hat nur kurze Zeit, um sich an diese Verschmelzung zu gewöhnen, bevor sie von einer dunklen Engelsgestalt angegriffen wird. Sie fällt daraufhin vom Himmel und wird, zerzaust wie sie ist, von Seraph nach Hause gebracht. Am nächsten Morgen stellt sich in Yuinas Klasse eine neue Englischlehrerin, Saeki, und gleichzeitig eine neue Schülerin vor. Zur Überraschung Yuinas handelt es sich um Kudou Aki, eine alte Schulfreundin Yuinas. Diese nimmt sie nach dem Unterricht beiseite und erzählt Yuina, daß auch sie einen Vertrag mit einem Emulator eingegangen ist. Dieser Emulator ist die neue Lehrerin, Hierarchie Code: Luzifer.