Das in Japan entstandene Manga erschien 1991 erstmalig in dem bekannten Business Jump-Magazin. In Deutschland erschien das Manga jedoch erst im Jahre 1996. Die Ausgabe umfasste 100 Seiten im A4 Format. Nach 12 Bänden wurde die Serie jedoch leider abgesetzt und die deutschen Fans mussten auf die Originalbände zurückgreifen. Im Jahre 2004 erschien jedoch eine Nachfolge des Mangas, welches den klangvollen Namen „Battle Angel: Last Order“ trägt.
Die Fortsetzung knüpft nicht direkt an die Vorgängergeschichte an, sondern beschreibt eine Geschichte die in entfernter Zukunft liegt. In der Fortsetzung findet sich im Gegensatz zum vorherigen Mange im Anhang detaillierte Informationen zur Hintergrundgeschichte und den Rahmendetails. So wird z.B. die Wolkenstadt bis ins Detail beschrieben.
Der Mechaniker Ido entwickelt aus einem alten, verbrauchten Cyborgkopf einen neuartigen (künstlichen) Organismus. Liebevoll nennt er sie Alita. Eines Tages möchte Alita mehr über ihre Herkunft herausfinden und wissen woher die Teile ihres Körpers stammen. Bei der Recherche findet sie schliesslich heraus, dass ihre Körperteile allesamt von ehemaligen Cyborg-Kriegern stammen. Mit diesem Wissen beschliesst sie schliesslich die Kariere als Kopfgeldjägerin zu beginnen. Nachdem sie immer mehr Zeit in ihr Training zu investieren scheint, ist sie sich des Respekts derer sicher, die sich nicht an die Gegner und Bösewichte heran trauen, denen Alita noch lange gewachsen zu sein scheint.
Im Laufe der Mangaserie verliebt Alita sie schliesslich in Hugo. Diesem versprach sie einst eine Geldsumme in die Woleknstadt „Zalem“ zu bringen. Die Lage spitzt sich zu, als sie Hugo auf einer Fahndungsliste wieder findet. Nun ist sie gezwungen sich zwischen der Liebe ihres Lebens und ihrem Job als Kopfgeldjägerin zu entscheiden. Mit Witz und Geist schafft Alita es jedoch ihre Auftraggeber zu überlisten. Sie rettet Hugos Kopf und übergibt ihren Auftraggebern seinen Körper als Trophäe. Ido, der sich mittlerweile als guter Freund Alitas erwiesen kann, möchte Alita helfen und besorgt Hugo einen Maschinenkörper. Da Hugo sich jedoch nicht an den Gedanken gewöhnen kann, zerbricht und stirbt er schliesslich an dieser Tatsache.
Nach diesem Schicksalsschlag möchte Alita eine neues Leben beginnen und mit ihrem alten als Kopfjägerin abschliessen. Sie beginnt zunächst mit der Sportart Motorball. Dabei handelt es sich um eine Kombination aus Inline-Skate-Rennen, sowie American Football. Der Reiz dieser Sportart, besteht jedoch darin einen Kampf auf Leben und Tod zu führen. Es zeigt sich, dass Alita eine aufstrebende Atlethin in dieser Sportart ist. Auf dem Höhepunkt ihrer Kariere tritt sie schliesslich gegen den unbezwingbaren Meister der höchsten Motorballstufe an. Auch dies scheint nicht die Erfüllung ihres Lebens zu sein. Nachdem Alita sich aus dem Motorball Sport zurückgezogen hat, versucht sie ihr neues Glück in der Bar, zu finden die ihren einstigen Kopfgeldkollegen als Treffpunkt dient. Immer wieder trifft Alita, durch ihre bewegte Vergangenheit auf Personen die mit ihr auf Konfrontationskurs stehen. Immer wieder kommt es zum äussersten Gefecht. Die Geschichte von Alita endet jedoch nicht sondern wird als mögliches Ende in Battel Angel Alita: Last Order optional dargeboten.
Ido, ein ehemaliger Bürger Zalems und jetzigen Warrior-Hunter, findet auf dem Schrottplatz den Rest eines weiblichen Cyborgs. Er ist in der Lage ihn zu reaktivieren und gibt ihr einen neuen Körper. Nachdem sie ihn grundlos verdächtigt ein Mörder zu sein und ihr Vertrauen zu ihm wiederhergestellt ist, trifft sie auf Makaku, einen Endorphin-Abhängigen Cyborg, der ihren Körper zerstört und Ido schwer verwundet, wobei er im Gegenzug auch seinen Körper einbüßt. Als Ersatz erhält sie von Ido einen Berserker Körper, der für Kampfeinsätze gedacht ist, und wird auch zum Warrior-Hunter. Makaku überwältigt inzwischen einen Zweikampfchampion namens Kinuba, und übernimmt damit dessen sehr starken Körper, mit dem er sich an Alita rächen will. Die beiden treffen letztendlich in einem Kampf aufeinander, der mit dem Abtauchen der beiden in der Kanalisation sein vorläufiges Ende findet.
Nachdem Alita Makaku letztendlich besiegen kann, und wir dessen Leidensgeschichte kennen, erleben wir ihr Dasein als Warrior-Hunter mit. Dabei trifft sie auf einen menschlichen Jungen namens Hugo, zu dem sie eine gewisse Beziehung aufbaut, nachdem sie sich über ihre Gefühle zu ihm klargeworden ist. Allerdings erfährt sie recht schnell, das er mit Vektor, einem Unterwelt Boss, zusammenarbeitet, um sich seinen Traum zu erfüllen, nach Zalem zu gelangen. Dafür geht er buchstäblich über Leichen, was Alita nicht gutheißen kann, obwohl sie ihn anfänglich unterstüzt. Gerade als er die notwendigen Chips zusammenhat, wird er angegriffen und tödlich verletzt. Alita gelingt es nur noch ihn zu rächen, und seinen Kopf zu Ido zu bringen, der ihm einen neuen Cyborg-Körper verleiht. Gemeinsam brechen sie dann zu Vektor auf um ihn zur Rede zustellen.
Nachdem Hugo von Vektor die Wahrheit über die Unmöglichkeit nach Zalem zu gelangen erfährt, verliert er seinen Glauben und versucht es über eins der Ankerseile in die Himmelstadt zu gelangen. Alita folgt ihm und muß mit ansehen wie er in seinen Tod stürzt. Dieses Ereignis verändert sie, und sie verläßt Ido. Der rettet inzwischen ein jungens Mädchen namens Shumira vor einer Vergewaltigung, woraufhin sie sich ihm anschließt. Durch sie findet er Alita wieder, die inzwischen eine erfolgreiche Kämpferin beim Motorball geworden ist, da sie ihr Ziel aus den Augen verloren hat. Durch eine Konfrontation Alitas mit dem Bruder von Shumira, dem aktuellen Motor Ball Champion Jashugan, erhofft sich Ido, das sie wieder einen Sinn in ihrem Leben sieht.
Um die für die Herausforderung benötigten Mannschaftskameraden von Alita zu ermitteln, wird ein Motorball Wettkampf durchgeführt. Armblessed, der Champion der zweiten Liga, und Takie, der rote Wind, erweisen sich als die härtesten Gegner im Kampf um den Sieg in diesem mörderischen Wettkampf. Allerdings gewinnt vollkommen unerwartet jemand, mit dem niemand gerechnet hatte. Währenddessen erklärt Ido Jashugan seine Beweggründe für sein Verhalten. Dieser trifft sich mit seinem Lehrer und muß sich mit einer unerfüllbaren Forderung auseinandersetzen. Auf dem Markt wird unterdessen Ed getötet, als er Alita schützen will. Im Herausforderungspiel gegen Jashugan werden bei Alita langsam Erinnerungen an früher wach, was wohl auch zum Ausgang dieses Kampfes beiträgt, nachdem alle Mitherausforderungen in Windeseile ausgeschaltet werden.