Das Manga beschreibt eine Zukunftsvision, die im Jahre 4084 n. Chr. spielt. Der Zeichner Yukiru Sugisaki entwickelte das Konzept im Jahre 2000. Das Manga diente später als Vorlage zur gleichnamigen Animeproduktion. Die Serie umfasst insgesamt 12 Folgen und ist dem Genre Mecha, Milität, Sci-Fi und Shounen zuzuordnen.
Man schreibt das Jahr 4084 nach Christus. Die Menschen haben ihre Heimat mittlerweile im Weltraum gefunden und leben dort auf unzähligen Kolonien. Leider sind sie dort nicht allein, denn eine Ausserirdische Macht zerstört die meisten der von den Menschen bewohnten Kolonien. Nur der Planet Zion überlebte dieses Inferno der Kriegshetzerei. Zion blieb grössten Teils verschont. Um die Menschheit vor der völligen Zerstörung zu schützen wird die „Goddess Operator Academy“ gegründet, welche es sich zum Ziel gemacht hat, mit Hilfe gewaltiger Kampfmaschinen die Menschen zu schützen.
Die Hauptprotagosnisten dieser Geschichte sind eine Gruppe von Jugendlichen, dessen einziges Ziel es ist, Piloten der gigantischen Kampfmaschinen zu werden, die man auch kurz nur „die Göttinnen“ bezeichnet. Die Konkurrenz ist hart, dies müssen Zero, Enna, Hiead Gner, Roose Sawamura, Yamagi Kushida und Clay Cliff als Anwärter für die „Goddess Operator Academy“ feststellen. Sie sind nicht die einzigen Jugendlichen, die den Traum besitzen, als Operator der Academy zu dienen.
Doch nicht nur seine Mitkonkurrenten sollen zumindest für Zero ein Problem darstellen, er scheint zudem über eine Fähigkeit zu verfügen, die man als EX bezeichnet. Dabei handelt es sich um eine Art Telepathie die er leider nicht immer so unter Kontrolle zu haben scheint wie dies gelegentlich der Fall sein sollte. Zu allem Überfluss verliebt sich Zero noch in eine Konkurrentin von der Academy so, dass auch hier immer wieder zu kleinen Streitereien kommt.