Am letzten Tag des apokalyptischen Einjährigen Krieges neigt sich die blutige Schlacht von A Bao A Qu dem Ende zu. Als er erfährt, dass der Anführer der Zeon, Giren Zabi, getötet wurde, beschließt Colonel Aiguille Delaz, seine Truppen vom Schlachtfeld zurückzuziehen und an einem anderen Tag erneut zu kämpfen. Mit ihm geht Anavel Gato, das Ass unter den Piloten der mobilen Anzüge, bekannt als der "Alptraum von Solomon".

Mehr als drei Jahre vergehen, während die siegreiche Erdföderation ihre zerstörte Flotte wieder aufbaut und ein geheimes Gundam-Entwicklungsprojekt startet, um fortschrittliche neue mobile Anzüge zu entwickeln. In der Zwischenzeit werden beschädigte Weltraumkolonien auf Seite 3, das ehemalige Herzogtum Zeon, verlegt, um die Überbevölkerung zu lindern. Und auf der Asteroidenbasis Axis jenseits der Marsumlaufbahn und in Delaz' Versteck in der Erdsphäre beginnen die Überreste von Zeon ihre Rache an der Föderation zu planen...

Ostaustralien

Der Föderations-Sturmträger Albion erreicht die Testbasis Torrington, nahe der Küste des riesigen Einschlagkraters, der einst Sydney, Australien, war. An Bord der Albion befinden sich zwei Prototypen von Gundam-Mobilanzügen, die von dem Mondkartell Anaheim Electronics entwickelt wurden. Testpilot Kou Uraki und seine Kameraden schwärmen von den neuen Gundams, werden aber von der schnippischen Systemingenieurin Nina Purpleton abgewiesen.

Die Gundam-Einheit 2, die speziell für die nukleare Kriegsführung entwickelt wurde, wird mit einem Sprengkopf aus dem Vorrat der Torrington-Basis beladen - und dann sofort vom ehemaligen Zeon-Ass Anavel Gato entführt, der von einem Anaheim-Spion an Bord der Albion geschmuggelt wurde. Indem er die Wiederbelebung des Herzogtums Zeon verkündet, hackt sich Gato aus dem Schiff und flieht in Richtung der australischen Küste, während andere abtrünnige Zeonisten seine Flucht mit einem Raketenbombardement decken.

Die überlebenden Torrington-Testpiloten verfolgen Gato, vereiteln seinen Versuch, in den Weltraum zu entkommen, und jagen ihn bis zur Küste. Kou, der den Gundam Unit 1 steuert, kämpft gegen das feindliche Ass, kann aber nicht verhindern, dass er von einem befreundeten U-Boot geborgen wird. Die Albion erhält Verstärkung, darunter ein Trio von Veteranen-Piloten, die Kou die Tauglichkeit des Gundam streitig machen, und macht sich dann auf den Weg nach Afrika, um Gato zu verfolgen.

Ostafrika

In Ostafrika angekommen, verbringt die Albion eine fruchtlose Woche auf der Suche nach der gestohlenen Gundam-Einheit 2. Die Kimberlite-Basis, ein übrig gebliebenes Zeon-Versteck in einer verlassenen Diamantenmine, heißt Gato willkommen und bereitet sich darauf vor, ihn und die Unit 2 mit einer alten Trägerrakete ins All zu schicken. Der Spion aus Anaheim wird versehentlich enttarnt und flieht in Richtung Kimberlite mit der Albion in heißer Verfolgung, aber Gatos Verbündete führen eine heftige Verzögerungsaktion durch und verschaffen ihm genug Zeit zur Flucht.

Die Shoal-Zone

In der Erdumlaufbahn sammelt ein Kreuzer der Delaz-Flotte Gato und die Gundam-Einheit 2 ein und macht sich dann auf den Weg zur versteckten Basis von Aiguille Delaz in der von Trümmern übersäten Untiefe, die einst als Seite 5 bekannt war. Bei seiner Ankunft muss Gato zu seinem Entsetzen feststellen, dass sein Anführer die berüchtigte Cima Garahau und ihre private Flotte rekrutiert hat, um sie in ihrem Kampf zu unterstützen.

Delaz sendet seine Kriegserklärung an die Erdföderation und zeigt die erbeutete Gundam-Einheit 2 - deren nukleare Fähigkeit einen Verstoß gegen den Antarktis-Vertrag darstellt - als Beweis für die Doppelzüngigkeit der Föderation. Die Albion folgt Gatos Spur in die Untiefenzone und wird von Cimas Streitkräften abgefangen, die die Begleitschiffe der Albion zerstören und ihr mobiles Anzugskontingent zerschlagen. Kou widersetzt sich den Befehlen und startet in der Unit 1, obwohl diese nicht richtig für den Weltraumkampf kalibriert wurde. Es gelingt ihm, den Angriff von Cima abzuwehren, aber er zahlt einen hohen Preis für seinen Stolz, da die Unit 1 schwer beschädigt wird.

Von-Braun-Stadt

Die Albion läuft im Hafen der Mondmetropole Von Braun City ein. Hier wird das Schiff repariert und mit Nachschub versorgt, die zerstörte Gundam-Einheit 1 wird zur Rekonstruktion an Anaheim Electronics zurückgeschickt, und die Besatzung erhält Landurlaub. Der entmutigte Kou gerät in einen Hinterhalt von Straßenschlägern und wird von einem einarmigen Schrottplatzbetreiber namens Kelly Layzner gerettet. Kou findet bald heraus, dass sein Retter ein ehemaliger Zeon-Pilot ist, der jetzt sogar den alten mobilen Panzer Val Varo für die Delaz-Flotte wiederaufbaut. Dennoch hilft er Kelly bei den Reparaturen und gewinnt dabei sein eigenes Vertrauen zurück.

Kou kehrt zurück, um herauszufinden, dass Nina die Rekonstruktion der Unit 1 abgeschlossen hat, aber wieder streikt er, als seine Schüchternheit ihn daran hindert, ihr seine offensichtlichen Gefühle für sie zu gestehen. Die Seifenoper wird durch das Auftauchen von Kelly und seinem renovierten Val Varo unterbrochen. Nachdem er herausgefunden hat, dass die Delaz-Flotte beabsichtigt, ihm seine mobile Rüstung abzukaufen, anstatt den verstümmelten Veteranen in den Kampf ziehen zu lassen, will Kelly nun einen glorreichen Abgang machen, indem er den Gundam herausfordert. Nach einem erbitterten Kampf besiegt Kou den Val Varo und tötet dabei versehentlich Kelly. Danach eilt er Nina zu Hilfe, die ins Kreuzfeuer geraten ist, und gesteht ihr schließlich seine Liebe.

Das Meer von Salomon

Die Albion verlässt die Von Braun und nimmt Kurs auf die Asteroidenbasis Konpei Island - während des Einjährigen Krieges als Zeon-Festung Solomon bekannt - für eine große Flottenüberprüfung der Föderation. Während sie in der Gegend patrouilliert, stößt die Albion auf ein geheimes Treffen zwischen der Flotte von Cima und einem Föderationsgeneral. Es kommt zum Gefecht, und der Teamleiter des mobilen Anzugs der Albion findet einen mysteriösen Aktenkoffer aus einem von Cimas Schiffswracks. Gerade als er im Begriff ist, die Geheimnisse der "Operation Stardust" der Delaz-Flotte zu entdecken, explodiert sein mobiler Anzug aufgrund von anhaltenden Kampfschäden.

Die Flottenbesprechung beginnt, auch wenn die Delaz-Flotte und andere abtrünnige Zeonisten die Föderationsflotte mit sporadischen Angriffen belästigen. Plötzlich trifft die Hauptstreitmacht der Delaz-Flotte ein, angeführt von Gato und der gestohlenen Gundam Unit 2. Gato feuert den Nuklearsprengkopf der Unit 2 mitten in die Föderationsflotte und zerstört drei Fünftel der Schiffe oder macht sie bewegungsunfähig. Kou fängt den sich zurückziehenden Gato ab und die beiden Gundams duellieren sich, wobei sie sich schließlich gegenseitig zerstören und den fliehenden Piloten eine kurze, aber intensive Begegnung von Angesicht zu Angesicht bieten.

Colonyjack

Anderswo werden zwei rekonstruierte Raumkolonien, die auf dem Weg zu Side 3 sind, von Cimas Flotte beschlagnahmt. Cima manövriert die Kolonien in eine Kollision und setzt eine von ihnen auf einen Kurs in Richtung des Mondes. Die Führer der Föderation sind davon unbeeindruckt und entsenden die verbleibende Flotte von der Insel Konpei, um die Kolonie abzufangen. Der Kapitän der Albion ist besorgter und befiehlt dem Schiff ein Rendezvous mit dem Andockschiff La Vie En Rose von Anaheim Electronics, um einen dritten Gundam-Prototyp zu bergen.

Währenddessen trifft sich Gato mit einer Delegation abtrünniger Zeonisten von der Asteroidenbasis Axis. Obwohl die Axis-Zeonen offiziell neutral sind, versorgen sie das Flotten-Ass Delaz mit einem mächtigen neuen mobilen Panzer, dem Neuen Ziel. Während die Flotten von Delaz und Cima die Kolonie zum Mond eskortieren, nutzt Gato das Neue Ziel, um die verfolgende Föderationsflotte abzuwehren. Als sich die Kolonie dem Mond nähert, benutzt ein Anaheim Electronics-Manager - veranlasst durch die Delaz-Flotte - das Laser-Startsystem der Firma, um die Raketentriebwerke zu aktivieren, die an der Kolonie befestigt sind, um sie aus der Mondumlaufbahn zu bringen und sie auf einen Kurs in Richtung Erde zu schicken. Die Verfolgungsflotte der Föderation kann der umgeleiteten Kolonie nicht folgen, da ihr Treibstoff aufgebraucht ist.

Die Albion erreicht La Vie En Rose, nur um festzustellen, dass der General, dem sie unterstellt ist, seines Kommandos enthoben wurde und dass La Vie En Rose und die Gundam-Einheit 3 unter der Kontrolle einer rivalisierenden Fraktion der Föderationsstreitkräfte stehen. Als Kou von der Kursänderung der entlaufenen Kolonie erfährt, erkennt er die wahren Dimensionen der Operation Stardust und beschließt, die Unit 3 zu stehlen. Die Albion-Crew kommt ihm zu Hilfe, und mit dem Gundam im Schlepptau machen sie sich auf den verzweifelten Versuch, die Kolonie abzufangen.

Der kritische Abfangpunkt

Eskortiert von Delaz' und Cimas Flotten und bewacht von Gato und seinem Neuen Ziel, rast die Kolonie unaufhaltsam auf den Kritischen Abfangpunkt zu, jenseits dessen es unmöglich sein wird, den Einschlag auf der Erde zu verhindern. Das Albion nimmt die Verfolgung auf, und Kou, der nun die riesige mobile Waffe, die Gundam Unit 3, steuert, versucht immer wieder, sich an Gatos ebenso mächtiger mobiler Panzerung vorbeizukämpfen. Anstatt der Albion zu helfen, sammelt sich eine Föderationsflotte, die von einer finsteren Kabale hochrangiger Verschwörer kontrolliert wird, hinter dem kritischen Abfangpunkt.

Als die Kolonie den Punkt ohne Wiederkehr passiert, scheint alles verloren. Doch nun spielen die Verschwörer ihre Hand aus. Cima, die, wie sich herausstellt, mit dieser Kabale unter einer Decke steckt, nimmt Delaz gefangen und befiehlt einen Waffenstillstand. Die Orbitalflotte der Föderation enthüllt ihre Geheimwaffe, eine Spiegelphalanx des Sonnensystems, wie sie in der Schlacht von Solomon verwendet wurde, die zur Zerstörung der entlaufenen Kolonie eingesetzt werden soll. Der gefangene Delaz befiehlt Gato, weiterzukämpfen, und wird sofort von einem wütenden Cima getötet. Ein ebenso wütender Gato zerstört die Brücke von Delaz' Flaggschiff - wobei er Cima nur knapp verfehlt - und greift dann das Sonnensystemfeld an, gerade als es aktiviert wird, wodurch die Kolonie durchbrechen kann.

Letzter Blitz von Zeon

Chaos bricht aus, als Cimas Streitkräfte und die Föderationsflotte mit den Überresten der Delaz-Flotte kollidieren und zusammenstoßen. Kou verfolgt Cima und ihre Flotte und vernichtet diese angeblich befreundeten Truppen, dann macht er sich auf die Suche nach Gato. Wie sich herausstellt, befindet sich das Flotten-Ass der Delaz in der Kolonie und nimmt in letzter Minute Kurskorrekturen vor. Kou konfrontiert Gato persönlich, wird aber durch das unerwartete Eingreifen von Nina daran gehindert, ihn zu töten! Nina hält Kou mit der Waffe in der Hand und gesteht ihm, dass sie und Gato einst ein Liebespaar waren, und besteht darauf, dass sie nicht zulassen wird, dass sich die beiden Männer gegenseitig umbringen.

Gato revanchiert sich bei Nina für seine Rettung. Er schlägt sie k.o. und übergibt sie einem seiner treuen Kameraden, bevor er sich mit Kou's Gundam zu einem letzten Duell trifft. Gerade als Gato den Gnadenstoß geben will, wird das wieder zusammengesetzte Sonnensystem erneut aktiviert. Die Kämpfer und die Kolonie werden von einem blendenden Licht verschlungen...

Ende

Der Angriff des Solarsystems kommt zu kurz und zu spät. Die Kolonie stürzt auf die Erdoberfläche, nicht auf das unterirdische Hauptquartier der Federal Forces in Jaburo, sondern auf die landwirtschaftlichen Flächen Nordamerikas. Gato, dessen mobile Rüstung verbrannt und zerschunden ist, führt die Überreste der Delaz-Flotte in einem letzten Angriff gegen die Föderationsflotte an. Im Anschluss an diese blutige Affäre wird Kou Uraki vor ein Kriegsgericht gestellt und ins Gefängnis gesteckt.

Bald darauf greift die Politik zu Kou's Gunsten ein. Unter dem Vorwand der Katastrophe der Operation Stardust gründen die Verschwörer der Föderation eine militärische Eliteorganisation - die bald berühmt-berüchtigten "Titanen" - zur Bekämpfung von Terrorismus und Anti-Föderationsrebellion. Die Wahrheit über den Fall der Kolonie und alle Details des Gundam-Entwicklungsprojekts werden ausgelöscht, und damit auch die Grundlage für Kous Bestrafung. Kou wird aus dem Gefängnis entlassen und zum Dienst auf einer Testbasis in Nordamerika zurückgebracht. Hier ist er zu seinem Erstaunen und seiner Freude mit seinen engsten Freunden aus der Albion-Crew wiedervereint... und mit Nina.