Es ist spät im Jahr UC 0079, in den letzten Wochen des Einjährigen Krieges. Nach der Zerstörung der militärischen Macht der Erdföderation und der Eroberung der halben Erdoberfläche durch die Zeon hat die Föderation endlich die Technologie der Zeon eingeholt und mit dem Wiederaufbau ihrer Streitkräfte für einen Gegenangriff begonnen. Neun Monate nach Beginn des Krieges hat die Föderation mit der Testproduktion ihrer eigenen mobilen Anzüge begonnen und Kampfteams organisiert, um sie im Kampf zu testen.

Erdumlaufbahn

Ein Transportschiff ist auf dem Weg zur Erde, um Soldaten der Föderationsstreitkräfte aus den Raumkolonien zur Erde zu bringen. Unter den Passagieren des Schiffes sind der junge Offizier Shiro Amada und der frischgebackene Rekrut Michel Ninorich. Die Passagiere werden durch eine nahegelegene Signalfackel auf einen mobilen Anzug der Föderation aufmerksam, der sich einen Kampf mit einem Prototyp der Zeon liefert. Der tollkühne Shiro stürzt sich in einem Ball, einer kruden Raumkapsel, die für manuelle Arbeit gedacht ist, in das Gefecht und ermöglicht dem Föderationspiloten die Flucht. Sowohl Shiros Ball als auch der Zeon-Prototyp werden in dem Gefecht zerstört, und beide Kämpfer sind gezwungen, in einem zerstörten Schlachtschiff Zuflucht zu suchen. Shiro und die Testpilotin der Zeon, eine junge Frau namens Aina Sakhalin, legen ihre Differenzen beiseite und setzen gemeinsam ein Notsignal ab, aus dem sie von befreundeten Truppen gerettet werden.

Südostasien

Auf der Erde angekommen, übernimmt Shiro das Kommando über das 08th Mobile Suit Team des Kojima Battalions, das Teil eines in Südostasien stationierten Testkorps ist. Neben Shiro gehören zu den Piloten des Teams die Veteranin Karen Joshua und das grimmige Ass Terry Sanders Jr., der Föderationspilot, den Shiro im Erdorbit gerettet hat; alle drei sind mit einer Bodenkampfversion des Gundam ausgestattet. Michel und die unbekümmerte Eledore Massis sind für den Betrieb des Team-Hovertrucks zuständig. Fast sofort wird das 08. MS-Team losgeschickt, um ein anderes Team in einem nahe gelegenen Gefecht zu unterstützen. In der darauf folgenden nächtlichen Schlacht verirrt sich Shiro und verbringt den nächsten Tag damit, durch den Dschungel zu wandern. Auf seinen Streifzügen stößt er auf ein junges Mädchen, das badet, und wird für sein Spähen mit ein paar Runden heißem Blei belohnt.

Für seine nächste Mission wird das 08. MS-Team geschickt, um ein von den Zeon besetztes Dorf einzunehmen. Shiro befiehlt seinen Piloten, sich aufzuteilen und den Feind von zwei Seiten anzugreifen, und wird auf dem Weg zum Treffpunkt prompt von Guerillas überfallen. Es stellt sich heraus, dass diese Guerillas die Gefährten von Kiki Logita sind, dem Mädchen, dem er zuvor begegnet ist. Shiro verhandelt mit seinen Entführern und bittet sie um ihre Hilfe beim Angriff auf das Zeon-Lager, um im Gegenzug lebenswichtige Nahrungsmittel und Medizin zu erhalten.

Fliegender Albtraum

Anderswo in Südostasien hat ein Zeon-Wissenschaftler namens Ginias Sakhalin ein ehrgeiziges Waffenentwicklungsprojekt abgeschlossen. In seiner geheimen Bergbasis hat Ginias den mächtigen mobilen Panzer Apsaras entwickelt, der in der Lage ist, in der Atmosphäre zu fliegen und mit einer verheerenden Mega-Partikelkanone ausgestattet ist. Testpilotin ist seine Schwester Aina, die gleiche Zeon-Pilotin, der Shiro im Weltraum begegnet ist. Während eines Testfluges wird die Apsaras vom 08. MS-Team abgefangen. Shiro und seinem Team gelingt es, den mobilen Panzer zu verkrüppeln und ihn zu einer Notlandung in der Nähe zu zwingen.

Kurz darauf erhält der Amateurmusiker Eledore die Nachricht, dass einer seiner Songs für ein Major-Label aufgenommen wurde. Er bittet Michel, ihm beim Feiern zu helfen, und sie schleichen sich von der Basis in ein nahe gelegenes Dorf. Unglücklicherweise stoßen sie auf dasselbe Dorf, in dem die Apsaras eine Bruchlandung gemacht hat, und das nun von Zeon-Soldaten besetzt ist, die verzweifelt versuchen, den beschädigten mobilen Panzer zu reparieren. Kurzzeitig gefangen genommen, entkommen die beiden, aber Eledore wird dabei schwer verwundet.

Nachdem die Apsaras wieder in der Luft sind, wird das 08. MS-Team ausgesandt, um das Testgelände in der Wüste abzustecken. Nach fast einer Woche gespannten Wartens wird der mobile Panzer endlich gesichtet und die Falle zugeschnappt. Obwohl der Apsaras entkommt, kann Shiro ihn mit seinem Gundam festhalten, und der überladene mobile Panzer stürzt schließlich in den schneebedeckten Gipfeln des Himalayas ab. Wieder einmal sind Shiro und Aina gezwungen, zusammenzuarbeiten, um zu überleben, aber ihre wachsende Nähe wird durch die Ankunft der Rettungstruppen beider Seiten unterbrochen. Um die Schöpfung ihres Bruders vor der Gefangennahme zu schützen, löst Aina das Selbstzerstörungssystem der Apsaras aus und schaltet ein Transportflugzeug der Federal Forces aus, um dann Shiro im Schnee zurückzulassen.

Flucht aus Odessa

Zur gleichen Zeit schließt die Föderation ihre Operation Odessa in Osteuropa ab. Einige der besiegten Zeonisten entkommen in den Weltraum, aber der eingebildete General Yuri Kerane und seine Männer bleiben zurück. Yuri beschließt, die überlebenden Truppen ostwärts zur Forschungsbasis seines Freundes Ginias zu führen, damit sie dessen Energiequelle, den Raumkreuzer Kerguelen, für die Rückkehr ins All nutzen können. Er befiehlt Ginias, sein wertvolles Forschungsprojekt zu stoppen und sich auf die Ankunft der Flüchtigen vorzubereiten.

In der Zwischenzeit bahnt sich eine andere Gruppe von Zeon-Nachzüglern ihren Weg durch den Dschungel von Südostasien. Als sie auf Kikis Dorf stoßen, hält dieses Trio von kriegsmüden Mobile Suit-Piloten die Guerillas als Geiseln, um Nahrung zu erhalten. Shiro, der aufgrund seiner Beziehung zu Aina als mutmaßlicher Spion auf der Basis festgehalten wird, widersetzt sich den Befehlen und führt das 08. MS-Team in eine gefährliche Rettungsmission. Trotz Shiros Bemühungen, die Situation ohne Blutvergießen zu lösen, werden die Guerillas fast ausgelöscht, und er ist gezwungen, einen panischen Zeon-Piloten zu töten.

Bergbelagerung

Nachdem die Föderation festgestellt hat, dass das Apsaras-Projekt eine große Bedrohung darstellt, beauftragt sie das Kojima-Bataillon, Ginias' geheime Basis zu finden und zu zerstören. Bei der Durchsuchung des Gebiets stößt das 08. MS-Team auf Yuri Keranes Konvoi von Trägerflugzeugen. Einer Handvoll von Yuris Männern gelingt es, Shiro und seine Freunde lange genug aufzuhalten, damit ihre Kameraden Ginias' Basis erreichen können. Yuri wartet am Eingang der Basis auf die Rückkehr seiner loyalen Untergebenen und muss dann feststellen, dass Ginias ihn ausgesperrt hat, um ihn daran zu hindern, sich in das wichtige Apsaras-Projekt einzumischen. Ginias zündet eine Bombe, um Yuri zu eliminieren, was den unglücklichen Nebeneffekt hat, dass er den Standort seiner geheimen Basis verrät.

Nachdem das Ziel lokalisiert ist, wird das gesamte Kojima-Bataillon mobilisiert, um die Basis zu belagern. Ginias' Ingenieure arbeiten emsig an der Fertigstellung einer neuen, tödlicheren Version der Apsaras, während der Rest des Personals der Basis sich auf die Flucht in die Kerguelen vorbereitet. Zeon-Ass Norris Packard, der loyale Gefolgsmann der Sakhalin-Familie, macht sich auf den Weg, um die mobilen Artillerie-Anzüge der Föderationsstreitkräfte zu eliminieren und einen sicheren Weg für den Start der Kerguelen freizumachen. Nach einem erbitterten Kampf mit dem 08. MS-Team gelingt es Norris, die Artillerie-Batterie auf Kosten seines eigenen Lebens auszulöschen.

Letzter Angriff der Apsaras

Als Shiro und sein Team sich neu gruppieren, sehen sie einen schrecklichen Anblick, der sich über den Ruinen der Bergbasis erhebt: ein neu erschaffener, überarbeiteter Apsaras, mit Ginias und Aina an seinen Kontrollen. Nachdem sie einen großen Teil der versammelten Föderationstruppen ausgelöscht haben, bietet Aina an, das Feuer einzustellen, wenn der Feind die Kerguelen entkommen lässt. Doch kaum ist die Kerguelen gestartet, eröffnet Ginias erneut das Feuer, und das flüchtende Schiff wird von Scharfschützen der Föderation abgeschossen.

Ginias hat genug von der Weichherzigkeit seiner Schwester und erschießt sie. Aina kippt aus dem Cockpit des Apsaras, wird aber von Shiros Gundam aufgefangen. Als Ginias die beiden Liebenden mit der Kanone des Apsaras ins Visier nimmt, schießen Scharfschützen der Föderation den mobilen Panzer durchlöchert und er stürzt zu Boden. Während die Föderationstruppen sich beeilen, den gefallenen Apsaras zu fangen, rennt Shiro los, um ihn zu zerstören, und zertrümmert das Cockpit des mobilen Panzers, gerade als er das Feuer zum letzten Mal eröffnet. Der Kommandoposten der Föderation wird durch den Abschiedsschuss der Apsaras verdampft, der mobile Panzer explodiert, und Shiro und Aina verschwinden in der Explosion...

Ende

Monate später ist der Krieg mit einem Sieg für die Erdföderation zu Ende gegangen. Michel Ninorich verlässt die Föderationsstreitkräfte und macht sich in Begleitung von Kiki Logita auf die Suche nach seinen vermissten Kameraden. Ihre Irrfahrt führt Michel und Kiki zu einer Gruppe von Kindern, die die Namen von Shiro, Aina und dem Rest des 08th MS Teams tragen. MS-Team tragen. Diese Kinder entpuppen sich als Flüchtlinge aus Zeons Newtype-Forschungsinstitut; da man ihnen ihre Namen und Erinnerungen gestohlen hatte, gaben ihnen zwei freundliche Fremde neue Identitäten. Nun, da sie sicher sind, dass ihre Freunde am Leben sind, machen Michel und Kiki weiter und finden schließlich Shiro und Aina, die in Frieden zusammenleben.