Die Titanen wurden besiegt, und in der Folge des großen Bürgerkriegs macht Haman Khan ihren Zug. Zu Beginn von UC 0088 erklärt sich ihre Armee abtrünniger Zeonisten, die im Asteroiden Axis zur Erde zurückgekehrt sind, zu den Neo Zeon. Mit dem Ziel, die Raumkolonien für ihre Sache zu gewinnen, verteilt Haman die Neo-Zeon-Flotte und schickt jedes Schiff, um die Bewohner einer anderen Kolonie zu umwerben. Eines dieser Schiffe ist der Kreuzer Endora unter dem Kommando der jungen Offizierin Mashma Serro, der zur Shangrila-Kolonie auf Seite 1 entsandt wurde. Zufälligerweise ist dies der Ort, an dem das AEUG-Flaggschiff Agama, ramponiert und erschöpft, in den Hafen humpelt.

Shangrila

Shangrila war die erste Kolonie, die auf Seite 1 errichtet wurde, und ist heute ein Flickenteppich aus Schrottplätzen und Slums. Einer der Bewohner ist der 14-jährige Judo Ashita, der seine Wochenenden mit der Bergung von Schrott verbringt. Judo beobachtet die Ankunft der Agama, dann schnappt er sich eine treibende mobile Anzugskapsel. Als er die Gondel in die Kolonie schleppt, entdecken er und seine Freunde, dass es sich bei dem Insassen um den Titanen-Piloten Yazzan Gable handelt, der seit der Niederlage der Titanen im All umhergetrieben ist. Yazzan kommt wieder zu Bewusstsein und zwingt Judo und seine Freunde prompt, ihm gegen die Agama und ihre Besatzung zu helfen.

Yazzan führt die Kinder zu Shangrilas Dock, wo er plant, den Zeta Gundam und die Agama zu kapern. Judo trifft auf den ehemaligen Piloten der Zeta, den nun komatösen Camille Vidan, und teilt mit ihm eine seltsame Erfahrung mit einer neuen Art von Bindung. Dann schnappt er sich die Zeta selbst und beginnt einen Kampf mit Yazzans Arbeiter-Mobilanzug. Trotz seiner Unerfahrenheit gelingt es Judo, Yazzans mobilen Anzug zu zerstören, woraufhin die AEUG die Zeta zurückerobern.

Der Neo-Zeon-Kreuzer Endora trifft ein und sein Kapitän, Mashma Serro, besticht die Kolonieverwaltung, die Endora an Shangrila andocken zu lassen. Während die Endora andockt, bewegt sich die Agama in das Innere der Kolonie und vergräbt sich im Schrott. Während Mashma und seine Untergebenen in den nächsten Tagen das Innere der Kolonie nach der versteckten Agama durchsuchen, kommt Judo immer wieder zur Hilfe und steuert die Zeta mit zunehmendem Geschick. Der Kapitän der Agama, Bright Noah, bittet Judo, seine Freunde und seine Schwester Lina, sich der Crew anzuschließen, und nach einigem Zögern von Judo akzeptieren sie. Die Agama verlässt Shangrila, um sich mit dem Versorgungsschiff La Vie En Rose zu treffen, und die Endora folgt ihr auf dem Fuße. Der vegetative Camille bleibt zurück, und seine treue Freundin Fa kehrt bald zurück, um sich ihm anzuschließen.

La Vie En Rose

Agama wehrt die ständigen Angriffe von Mashma und Ersatzkapitänin Cyara Sun ab, erreicht die La Vie En Rose und nimmt Anaheims neuesten mobilen Anzug, den Double Zeta Gundam, in Empfang. Dank der gewaltigen Feuerkraft des Double Zeta kann Judo den Feind immer wieder zurückschlagen, doch seine Schwester Lina geht bald im Weltraum verloren und fällt in die Hände der Neo Zeon. Der junge Offizier Gremmi Toto nimmt die gefangene Lina unter seine Fittiche und beschließt auf unerklärliche Weise, sie zu erziehen und zu kultivieren. Gremmi hat bereits ein anderes zehnjähriges Mädchen in seiner Obhut - die exzentrische Newtype Elpe Puru, die kleinste Pilotin der Neo Zeon.

Axis

Nachdem die Agama von der La Vie En Rose-Crew mit einer leistungsstarken neuen Kanone ausgestattet wurde, macht sie sich auf, den Asteroiden Axis anzugreifen. Judo vermutet, dass seine Schwester auf dem Asteroiden gefangen gehalten wird, und macht sich auf den Weg, um Lina vor dem Angriff der Agama zu retten. Als er sich in den Axis schleicht, trifft er auf Haman selbst - ganz zu schweigen von Puru, der sich an Judo wie ein Ersatzbruder klammert. Obwohl es Judo nicht gelingt, seine Schwester zu befreien, ist der Angriff der Agama zum Glück wirkungslos.

Dakar

In der Zwischenzeit hat Haman ihre Kräfte für eine neue Operation gesammelt. Da keiner ihrer Anhänger bei der Eroberung von Kolonien besser abgeschnitten hat als Mashma, nimmt sie nun die Föderation selbst ins Visier. Die versammelte Neo-Zeon-Flotte soll Dakar besetzen und die als Geisel genommene Föderationsregierung zwingen, die Kontrolle über Seite 3 abzugeben. Obwohl die Agama versucht, die Invasion der Neo Zeon zu verhindern, stellt sich heraus, dass die feindliche Vorhut die Hauptstadt der Föderation bereits eingenommen hat.

Unerschrocken steigt die Agama zur Erde hinab und schickt ihr "Gundam-Team" auf einen Treck durch Nordafrika. Die jungen Mobile Suit-Piloten, zu denen nun auch Puru gehört, machen sich auf den Weg durch die Wüste nach Dakar. Das Gundam-Team, die Agama und die Kalaba vereinen ihre Kräfte für einen kurzen Überfall auf die besetzte Hauptstadt, bei dem Judo schließlich Lina entspringt - die prompt im Kampf in die Luft gesprengt wird.

Dublin

Auf der Flucht aus Afrika begibt sich die Agama zum Schattenhauptquartier der Föderation in Dublin, Irland. Hier trifft sich Bright mit den Spitzenbeamten der Föderation, die ihm fröhlich mitteilen, dass sie mit Haman Frieden geschlossen haben und dabei sind, Seite 3 an die Neo-Zeonen zu übergeben. In der Hoffnung, den Prozess ein wenig zu beschleunigen, führt Haman einen Kolonieabwurf auf Dublin durch, um seine Macht zu demonstrieren; die Verantwortlichen der Föderation fliehen, können aber nicht die Mühe auf sich nehmen, die Zivilbevölkerung zu evakuieren. Die AEUG und Kalaba schaffen es, die meisten Einwohner Dublins vor dem Einschlag der Kolonie zu retten.

Die Neo-Zeonen liefern eine böse Folgeüberraschung, als der nun unheilvolle Gremmi einen Doppelgänger Puru gegen die Agama aussendet. Es stellt sich heraus, dass er eine kleine Armee von Puru-Klonen im Kühlhaus hat, und der abtrünnige Puru, der sich der Agama-Crew angeschlossen hat, ist völlig entbehrlich. Die neu erwachte Puru Two eliminiert rücksichtslos ihre Zwillingsschwester.

Side 3

Die Föderation nimmt den Wink auf und schließt die Verhandlungen ab, löst die Zeon-Republik auf und übergibt Seite 3 in die Hände der Neo-Zeonen. Zufrieden verlassen Haman und ihre Streitkräfte die Erde und machen sich auf den Weg zu Seite 3, um mit der Wiederaufrüstung zu beginnen. Nach der Rückkehr in den Weltraum werden die Agama und ihr Kader von Teenager-Piloten darüber informiert, dass der Krieg vorbei ist. Doch als der Zufall Judo und seine Freunde an das Steuer des brandneuen AEUG-Schlachtschiffs Near Agama setzt, machen sie sich auf den Weg nach Seite 3, um Haman mit Brights Segen zu bekämpfen.

In der Zwischenzeit hat Haman eine weitere Herausforderung auf dem Teller. Der ehrgeizige Gremmi, der behauptet, er sei ein gentechnisch hergestellter Nachkomme von Giren Zabi und damit ein ebenso legitimer Erbe der Zabi-Linie wie die Marionette Mineva, startet eine Rebellion gegen Haman und spaltet die Neo-Zeon-Truppen in zwei Teile. Da sie Haman für das kleinere Übel halten, treten die Near Agama und ihre Crew in den Kampf gegen Gremmi und seine Anhänger ein.

Der Bürgerkrieg auf Neo Zeon ist kurz, aber heftig. Obwohl seine Flotte der von Haman nicht gewachsen ist, übernimmt Gremmi die Kontrolle über die Axis und schleudert deren abtrennbare Sektion, Mowsa, auf Hamans Festung, die Kolonie Core 3 - dann folgt der Hauptteil der Axis selbst. Judo und seine Teamkameraden nehmen es mit Gremmi und dem nun reuigen Puru Zwei auf, wobei sie den einen töten und dem anderen versehentlich tödliche Wunden zufügen. Gremmis Streitkräfte werden aufgerieben und Hamans Flotte wird auf eine winzige Handvoll reduziert.

Da die Neo-Zeonen nur noch eine winzige Bedrohung darstellen, beschließen die AEUG und die Föderationsstreitkräfte schließlich, einzugreifen und eine Flotte zu entsenden, um Hamans verbliebene Streitkräfte zusammenzutreiben. In der Zwischenzeit liefern sich Judo und Haman ein letztes Duell im Inneren der treibenden Mowsa; besiegt, tötet sich Haman lieber, als in Schande zu leben. Als die Schlacht vorbei ist, treffen die AEUG und die Föderationstruppen ein, um den Sieg zu feiern. Sie entdecken, dass Mineva verschwunden ist und einen Doppelgänger als Lockvogel zurückgelassen hat.

Ende

Angewidert von der Feigheit und Korruption der Erwachsenen, schließen sich Judo und sein ehemaliger Teamkollege und jetziger Freund Roux Rouka der Besatzung eines Energietransportschiffes an und machen sich auf die lange Reise zum Jupiter. Kurz vor dem Ablegen des Schiffes wird Judo mit seiner Schwester Lina wiedervereint, die in Wirklichkeit gar nicht tot ist. Und auf der Erde tummeln sich Fa und die wieder genesene Camille am Strand.