Am Ende der ersten "Staffel" haben Sora, Donald und Goofy ihr Ziel erreicht und Riku, Kairi und König Micky gefunden, die sich auf der anderen Seite des Tores zur Finsternis befinden. Kairi gelingt die Flucht auf Sora's Seite, doch auch unzählige Herzlose versuchen, durch die Tür in die andere Welt zu gelangen und sie mit ihrer Finsternis zu verschlingen. Um das zu verhindern. bleibt dem König nur ein Weg: Er und Sora müssen die Tür von beiden Seiten verschließen, doch dann können Riku und er nicht mehr entkommen. Aber es bleibt keine Wahl. Mit den Worten "Ich finde einen anderen Weg ans Licht" aktiviert Micky seine Macht und er und Sora verschließen zusammen die Öffnung. Als das Licht verlöscht, schwört Sora jedoch, seine Freunde zu retten und nicht aufzugeben, bevor Riku und Micky befreit sind.

Als machen sich die drei tapferen Recken auf eine neue abenteuerliche Reise und gleich bei ihrem ersten Anhaltspunkt handelt es sich um einen Volltreffer. Donald, Goofy und Sora gelangen zum Schloss des Vergessens, wo sie auf einen sehr merkwürdigen Kerl in schwarzer Kutte treffen. Er erklärt ihnen, dass sie mit jeder Minute, die sie sich im Schloss befinden, ihre Erinnerungen verlieren und schon bald werden sie nicht mehr wissen, warum sie überhaupt hergekommen sind. Doch Sora spürt, das er in diesem Schloss etwas finden wird, das sehr wichtig ist und so kommt eine Flucht nicht in Frage. Als der verhüllte Kerl das hört, ist er erfreut und überreicht Sora eine Karte. Sie wurden aus seinen Erinnerungen hergestellt und soll ihn an den Ort führen, der auf der Karte abgebildet ist: Traverse.

Durch eine magische Tür gelangen die drei Freunde dann tatsächlich in die Stadt, in der sie sich damals zum ersten Mal getroffen hatten und werden dort auch gleich von Herzlosen angegriffen. Doch ein alter Bekannter, der Krieger Leon, kommt ihnen zu Hilfe. Sora ist über das Wiedersehen sehr erfreut, doch Leon und auch seine Freunde, die sich dazu gesellen, können sich nicht an Sora und die anderen erinnern. Scheinbar befindet sich die Gruppe mitsamt der Stadt wohl immer noch in dem unheimlichen Schloss und auch die Bewohner von Traverse beginnen, alles zu vergessen. Doch ihre Hilfsbereitschaft haben sie nicht vergessen. Leon und Aeris helfen Sora und den anderen, wieder in das Schloss zurück zu kehren, wo sie abermals auf den seltsamen Kerl in der Kutte treffen. Nachdem er ihnen mit einigen geheimnisvollen Worten weitere Rätsel aufgibt, wird die Gruppe plötzlich von einem weiteren Kuttenmann attackiert. Was geht nur in diesem seltsamen Schloss vor? Werden Sora, Donald und Goofy ihre Freunde finden? Und warum werden sie von diesen ganzen komischen Kerlen belästigt?