Mit der Kolonisierung des Weltalls beginnt die neue Zeitrechnung des Gundam-Universims, das “Universal Cetury” UC 0000. Zu diesem Zeitpunkt sind die Ressourcen der Erde zu erschöpft, um einer Bevölkerung von 9 Milliarden Menschen noch Lebensraum bieten zu können, und die Erdregierung ruft das “Space Colonization Programm” ins Leben. Das Militär, die UNT Spacy, und die Colony Management Corporation beginnen mit der Umsiedlung eines Grossteils der Menschheit in Weltraumkolonien, 30 km langen Zylindern, die sich an den Punkten neutraler Gravitation, den Lagrange-Punkten L1 - L7, in einem stabilen Orbit um die Erde befinden.

In UC 0050 leben bereits 80% der Menschheit in den Kolonien. Doch während dort der Lebensraum immer knapper wird, geniessen die auf der Erde verbliebenen privilegierten “Earthnoids” den Luxus ihres Lebens auf dem sich regenerierenden Planeten und stellen die Regierung der “Föderation der Erde”. Doch das Regime ist korrupt, und seine regressive Politik gegenüber den Kolonisten bildet den Nährboden für das Entstehen verfeindeter Ideologien.

In UC 0058 erklärt sich eine Kolonie der Mondnahen SIDE 3 zur eigenständigen Republik. Ihr Politischer Führer, Zeon Zum Daikun (Deakon), formuliert seine Thesen des “Colonism” und des “Contra-Earthism”, nach denen die Menschheit in der Reise zu den Sternen ihre Natürliche Evolution fortsetzen und ein neues Menschengeschlecht, den “Newtype”, hervorbringt. 0062 erklärt Daikun seine Kolonie für unabhängig von der Erde. Die Föderation versucht, die Kolonie zu isolieren, worauf die gesamten Kolonien der SIDE 3 aus Protest der Republik Zeon beitreten.

Beide Seiten beginnen, militärische Streitkräfte aufzubauen. Der Physiker Minovski entdeckt ein neues Elementarteilchen, auf dessen Grundlagen ein kompakter Fusionsgenerator entsteht. Mit dieser neuartigen Energiequelle ist die Entwicklung der Mobile Suits (MS) eingeleitet, gepanzerte, humanoide Kampfeinheiten - die charakteristischen Waffensysteme des Gundam-Universums. Aber erst 0074 wird Zeons erster Mobile Suit erfolgreich in Betrieb genommen. Ein Nebeneffekt der Minovski-Partikel ist die vollständige Störung von Radarsignalen, so dass Kampfhandlungen nicht mehr mit weitreichenden Waffen ausgetragen werden können, sondern in Sichtweite Mann gegen Mann erfolgen.

0068 kommt Daikun, möglicherweise durch fremde Hand, zu Tode, und sein Militärarbeiter Deging Zabi (Dagan Sod Zavi) wird zum diktatorischen Herrscher über die Zeon-Republik. In den folgenden Unruhen wird Degins Sohn Cicero getötet; dessen Bruder Giren (Glenn) “säubert” die politische Führung, Daikuns Anhänger werden verfolgt. Simba Ral (Jinba Raoul), Daikuns engster Vertrauter, rettet dessen Caspar (Cassoval) und Arthesia auf die Erde, wo er sie unter den Namen Eduard und Sayla Mass (Sarah/Sera Maas) aufzieht. Während sein eigener Sohn Ranba (Lambda) eine Laufbahn im Zeon-Militär antritt, verschwört Simba Eduard auf das Ziel, Rache an der verhassten Zabi-Dynastie zu nehmen. 0074 tritt Eduard als Char Aznabel in die Zeon-Militärakademie ein.

0077 werden in einem von Zeon provozierten Bürgerkrieg in SIDE 6 die ersten MS-Prototypen, MS-05 ZAKs (Zeon Air Kommando) im Einsatz getestet. In Vorbereitung eines finalen Konfliktes mit der Erde annektiert Zeon den Mond und errichtet die Militärbasis Granada auf der erdabgewandten Seite. Die Föderation erbaut einen Stützpunkt auf dem Asteroiden Luna 2 und ruft ihrerseits ein MS-Entwicklungsteam ins Leben. Durch Spionage gelangen Daten der Zeon-MS in die Hände der UNT Spacy und werden im Prototypen RX-77 Guntank umgesetzt.

Am 3. Januar 0079 startet Zeon die Operation British, einen Überraschungsangriff auf die SIDEs 1, 2 und 4. Der massive Einsatz von nuklearen, chemischen und biologischen Waffen kostet Millionen Menschen das Leben. Eine der entvölkerten Kolonien wird aus ihrem Orbit geworfen und stürzt auf die Erde. Zwei Wochen später kommt es zu der Schlacht von Ruum, in der Zeon die zahlenmässig überlegende UNT-Raumflotte vernichtend schlägt und SIDE 5 weitgehend verwüstet. Admiral Reville, Leiter der UNT Spacy, wird von der Elitepilotin der “Black Trinary” gefangengenommen. Noch nur zwei Wochen ist ein Drittel der Menschheit dem Krieg zum Opfer gefallen und die Erde von einer Klimakatastrophe verwüstet. Beide Kriegsparteien treffen sich zu Verhandlungen in der Antarktis. Doch als die Föderation schon kapitulieren will, kann Admiral Reville die Information weitergeben, dass Zeons Ressourcen erschöpft sind und eine Fortführung des Angriffskrieges unmöglich ist.

Am 31. Januar unterschreiben beide Seiten das Antarktis-Abkommen, das den weiteren Einsatz von ABC-Waffen verbietet. Der Krieg geht weiter.

Im März 0079 erobern Zeons Invasionstruppen nahezu die Hälfte der Erdoberfläche und beginnen mit der Ausbeutung der Ressourcen zum Aufbau neuer Streitkräfte. SIDE 3 wird durch die Asteroidenfestung Abowaku (A Beau Coup) und Solomon verstärkt. Währenddessen nimmt die Föderation den Wiederaufbau ihrer Flotte im unterirdischen Hauptquartier in Jaburo in Mittelamerika und auf Luna 2 auf, das “Projekt V” unter Leutnant Tim Rei die ersten MS-Prototypen der Föderation fertigstellt. Sie werden in dem neuen Trägerschiff der Pegasus-Klasse, der “White Base”, zur Erprobung nach SIDE 7 transportiert. Das Schiff wird jedoch von einem Zeon Musai-Kreuzer verfolgt.

An Bord: Char Aznabel, der “Red Comet”, Newtype und Ass der Zeon MS-Streitkräfte.