Die Geschichte Nabari no Ou entstand im Jahre 2008 und wurde bis jetzt lediglich in Japan ausgestrahlt. In den insgesamt 28 Episoden werden die Abenteuer des jungen Ninja Miharu erzählt, die er am Umfeld seiner Schule erlebt.
Regie bei dem neuen Serienprojekt führte Kumihisa Sugishima. Die Musik hingegen konzipierte die Komponistin Michiru Oshima. Kazumori Iwakura Feder war es schliesslich zu verdanken, dass die einzelnen Figuren ihren Charme erhielten.
Der junge Miharu, besitzt die Gabe des Hijutsu. Die Fähigkeit wohnt tief in ihm und sehr viele Ninja beneiden ihn um diese Technik. Denn derjenige, der diese Macht besitzt ist in der Lage der Gebieter aller Ninja zu werden. Eben dieses Hijutsu ist die Kraft der Schöpfung und wird nicht jedem zuteil.
Rokuious Klassenkamerad hat vor kurzem einen Club Nabens Nindou gegründet. Zusammen mit seinem Englischlehrer und Kumohira bilden sie eine geheime Ninjafront, die es sich zur Aufgabe gemacht hat Rokujou in ihren Kreis zu holen. Zunächst zögert der Junge, doch als er eines Tages von einem Trupp Ninjas gejagt wird, da sie sein Hijutsu wollten, entschliesst er sich dem Club beizutreten.