Die Geschichte zu „Phantom – The Anime“ entstand im Jahre 2004. In den insgesamt drei Episoden wird die Geschichte des Jungen Reiji erzählt, der Zeuge eines Mordes wird und so selbst in die Verlegenheit kommt zum Killer zu werden. Aufgrund der unterschiedlichen Handlungselemente lässt sich die Story dem Genre Action und dem des Dramas zuordnen.
Das Drehbuch zur Serie schrieb der Autor Keitaro Motonaga. Für die Regie aller drei Teile konnte letztlich der Serien- und Filmemacher Keitaro Motonaga gewonnen werden. Koji Watanabe war es letztlich, mit dessen Hilfe die einzelnen Charaktere erst ihr charismatisches Aussehen erhielten.
Als Reiji zum ersten Mal im Ausland ist, überschlagen sich bereits die Ereignisse. Gerade in L.A. angekommen, wird er Zeuge an den Morden mehrerer Personen. Geschockt versucht der Junge zu fliehen, doch der Schafschütze – niemand Geringeres als eine Profi-Killerin – verfolgt ihn und kann ihn schliesslich stellen. Doch Reiji hat Glück. Anstatt ihn zu töten, bringt „Eins“ ihn zu ihrem Meister. Denn der skrupellose Wissenschaftler hat ihr den Auftrag gegeben den Jungen am Leben zu lassen.
Als er wieder zu sich kommt, stellt er fest, dass er sich an seine Vergangenheit nicht mehr erinnern kann. Offensichtlich hat man sein Gedächtnis manipuliert. In dieser Lage stellt er Reiji vor die bitter Wahl: Entweder er lässt sich ebenso wie „Eins“ auch zur perfekten Killer-Maschine ausbilden, oder er wird auf der Stelle getötet. Als „Zwei“ soll er nun Seite an Seite zusammen mit „Eins“ im Auftrag von dem Wissenschaftler Scythe die ersten Aufträge ausführen.
Die Geschichte besticht durch ihrer unvergleichliche Art und ihre fantastischen Bilder. Ein Muss für den wahren Anime-Fan.