In diesem Film geht es wieder um die Entdeckung eines legendären Pokémon. Diesmal ist es Lugia, das geheimnisvolle, mächtige Meerespokémon - der Gott des Meeres, von dem eine alte Legende spricht.
Bei einem Bootsausflug werden Ash, Misty und Tracy von einem Sturm überrascht und mit ihrem Boot an die Küste der Insel Shamouti geschleudert. Auf dieser Insel wird gerade ein grosses Fest vorbereitet. Bei diesem Fest erhält Ash seinen ersten Kuss, allerdings nicht von Misty, sondern von dem einheimischen Mädchen Melody.
Die Inselbewohner glauben, dass Ash der Pokémontrainer ist, der eine alte Prophezeihung erfüllen und die Insel dadurch bewahren wird. Er soll je eine Kristallkugel von der Feuer-, der Blitz- und der Eis-Insel holen und sie dann zum Heiligtum auf dem höchsten Berg der Insel bringen. Ash erklärt sich bereit diese Aufgabe zu übernehmen und wird dabei von Melody, die ebenfalls eine wichtige Rolle aus der alten Sage übernimmt, unterstützt. Misty, die eifersüchtig auf Melody ist, beschliesst, Ash bei dieser Mission nicht zu unterstützen.
Aus der alten Legende wird dabei sehr schnell bitterer Ernst, denn der gemeine Lawrence, der Lugia fangen will, bringt alle in ernste Gefahr. Mit seiner Flugmaschine macht er Jagd auf die drei legendären Vögel Arktos, Zapdos und Lavados um mit ihrer Hilfe Lugia anzulocken. Es gelingt ihm Lavados einzufangen. Dadurch gerät das harmonische Gleichgewicht der Vögel jedoch aus dem Lot und ein furchtbarer Sturm zieht auf und Ash und Melody geraten in Gefahr. Auch die Pokémon spüren, dass etwas nicht stimmt und machen sich zu Zehntausenden auf den Weg zur Insel Shamouti. Auch Misty hält es nun nicht mehr länger aus und versucht gemeinsam mit Tracy Ash zu finden.
Schliesslich treffen sie alle an einer felsigen, verlassenen Küste wieder zusammen. Gerade als Ash den dort entdeckten Tempel zu Ehren des Feuergottes untersuchen will, werden sie von einem gigantischen Zapdos angegriffen, und schliesslich mit diesem zusammen von Lawrence gefangengenommen. Sie befinden sich nun in den Händen von Lawrence, der von seinem Plan Lugia zu fangen nicht abweicht. Ash und seinen Freunden gelingt es, sich sowie Zapdos und Lavados zu befreien. Diese zerstören daraufhin das Luftschiff von Lawrence und beginnen im Anschluss daran gemeinsam mit Arktos einen Kampf um die Vorherrschaft der Elemente. Dies führt zum Auftauchen von Lugia, der gegen die drei Vögel alleine jedoch auch diesmal machtlos ist. Doch gemeinsam mit Ash und Melody gelingt es am Ende doch noch die drei Vögel zu besänftigen und die Natur geht daraufhin wieder ihren alten Gang.
Auch Rocko hat nochmals einen kurzen “Cameo”-Auftritt. Als Prof. Eich mit Prof. Ivy telefoniert, sieht man ihn im Hintergrund hin und her rennen. Zudem erfährt man auch erstmals die Vornamen von Ashs Mutter (sie hat den schönen Vornamen Delilah) und von Prof. Eich (dieser heisst Samuel). Misty gesteht nach einigem Zögern gegenüber Melody, dass sie Ash liebt.
Vor dem eigentlichen Film, könnt Ihr wieder einen Kurzfilm sehen, diesmal “Pikachu - Die Rettung”. Dieser Kurzfilm hat die Länge einer Trickfilmepisode und in ihm kommen nur Pokémon vor, allen voran natürlich wieder Pikachu. Diesmal geraten Pikachu und seine Freunde durch ein Loch in der Erde in einen Krater, in dem sich eine urwüchsige Dschungellandschaft gebildet hat, die natürlich auch von zahlreichen neuen und altbekannten Pokémon bevölkert ist. Sie machen sich prompt daran, den Urwald zu erkunden, wobei Togepi und Mauzi wieder einmal gut darin sind, für jede Menge Aufregung zu sorgen.
Für jeden Kinobesucher wird es wieder eine Promokarte geben (solange der Vorrat reichte). Dies sind Karten des Sammelkartenspieles, die nur auf diese Weise erhältlich sind. Den Anfang machte die urzeitliche Mew-Karte und als weitere Karten gab es Arktos, Zapdos und Lavados.