Sgt. Keroro ist der befehlshabende Offizier der vom 58.ten Planeten Keron und auf einer wichtigen Mission: Der Eroberung der Erde. Zu diesem Zweck begibt sich der coole Frosch (ja, Frosch) zum blauen Planeten, um herauszufinden, ob dort intelligentes Leben herrscht. Doch sein Raumschiff hat eine Panne und die Crew muss notlanden. Dabei wird Keroro von seiner Mannschaft getrennt. Vollkommen allein und ohne Möglichkeit, Kontakt mit der Heimat aufzunehmen, muss der Kommandant wohl oder übel improvisieren.

Auf der Suche nach einem Unterschlupf wird er von dem 12-jähriger Fuyuki Hinata entdeckt und überwältigt. Nach einem kurzen Kampf, bei dem Keroro seine Geheimwaffe, den Quak Ball, an seinen Gegner verliert, handeln die beiden einen Waffenstillstand aus. Wohlweislich hält Keroro natürlich seine Pläne von der Erderoberung geheim und bietet sich als Haushaltshilfe an. Im Gegenzug bekommt er ein eigenes Zimmer, indem er ungestört seine weiteren Pläne schmieden kann. Fuyuki freundet sich schnell mit dem kleinen Außerirdischen an, da er selbst eine richtige Obsession für Ufo`s und das All hat und immerhin ist die ein erster Kontakt mit einem außerirdischen Wesen. Doch nicht alle in der Familie sind so erfreut über den grünen Mitbewohner. Die 14-jährige Natsumi missbraucht Keroro gerne als persönlichen Sklaven und ist verständlicherweise wenig erfreut über dessen Spannerei, wenn sie im Badezimmer ist.

Und diese Zicke erschwert es dem Space-Commander erheblich, seine Mission weiter zu führen. Und was wurde eigentlich aus seiner Mannschaft? Nun, einen davon, nämlich seinen treuen Untergebenen Private Tamama, kann Keroro bei einer Mitschülerin von Fuyuki ausmachen. Bleibt nur noch, den Rest und vor allem ein Kommunikationsmittel zu finden, damit die Heimat über den derzeitigen Stand der Mission informiert werden kann.