Nach einem schrecklichen Krieg, in dem von den Menschen gebaute Androiden fast die gesamte Menschheit ausgelöscht haben, ist der Himmel dunkel geworden und die Oberfläche praktisch nicht mehr bewohnbar. Die Menschen sind in den Untergrund gezogen und die meisten erinnern sich kaum noch an die Welt, in der sie früher gelebt haben.

Doch es gibt auch Ausnahmen. Der Großvater der angehenden Wissenschaftlerin Mana ist ebenfalls ein technisch hochbegabter Mann und er erinnert sich an den blauen Himmel, unter dem er früher seine Kindheit verbrachte. Und sein Traum ist es, diesen irgendwann noch einmal zu sehen. Aus diesem Grund arbeitet er an einem Projekt, das die Menschheit wieder an die Erdoberfläche bringen soll, das von allen anderen aber nur belächelt wird. Nur seine Enkelin glaubt an die Träume ihres Großvaters.

Diese nehmen leider ein jähes Ende, als der alte Mann von seinem geldgierigen Sohn und seiner Frau ermordet wird. Kurz zuvor hatte er Mana eröffnet, das sie einmal sein Projekt übernehmen soll und nun liegt der Wissenschaftler tot am Fuße der Treppe, die ihn sein eigener Sohn hinab gestoßen hat. Doch der Mörder hatte einen Zeugen, den Roboter Ciel, ein harmloses Überbleibsel aus dem großen Krieg und seit ihrer Kindheit Mana's bester Freund. Als er sieht, was Mana's Vater ihrem geliebten Großvater, den auch Ciel verehrt, angetan hat, erwacht eine dunkle Seite in dem jugendlichen Androiden und wie von Sinnen tötet Ciel den Mörder und seine Frau, sowie Mana's Bruder. Zufällig kommt gerade da das Mädchen nach hause und als sie all die Leichen im Haus sieht, verliert sie den Verstand. Ciel wird von der Polizei als Mörder festgenommen, kann aber fliehen. Von nun an irrt der Junge durch die Straßen der Stadt, ausgestoßen und von der Polizei verfolgt. Seine einzige Freundin ist wahnsinnig und seine Familie tot. Durch Zufall stößt Ciel auf eine kleine Gruppe Jugendlicher, die den verirrten Roboter aufnehmen. Ihnen offenbart Ciel sein größtes Geheimnis: Wenn er singt, projiziert sein Körper dreidimensionale Erinnerungen an die frühere Welt. Nur den Himmel, den kann Ciel seinen Freunden nicht zeigen, obwohl sie diesen Traum mit ihm und Mana teilen. Ciel wird klar, das er seiner Freundin nur helfen kann, indem er es schafft, diesen Traum für sie wahr zu machen.

Doch er muss sich zuerst einem mächtigen Gegner stellen: Der Android R ist auf der Jagd nach ihm und auch er ist ein ehemaliger Krieger, übrig aus dem großen Kampf auf der Erde. Und außerdem ist er Ciel's genaues Gegenstück. Und ihm ebenbürtig.