In "Tokio Babylon" treffen Anhänger des Erfolgsmanga "X/1999" auf einige alte Bekannte. Oder besser gesagt, jüngere Bekannte, denn die Story spielt vor dem großen Showdown in Tokio.

Der Clan der Sumeragis, mächtige Yin-Yang-Meister, hat seit jeher die Aufgabe auf sich genommen, Tokio vor allen möglichen Gefahren zu beschützen. Sie bekämpfen nicht nur kriminelle Energien, sondern auch übernatürliche Gefahren, die den Menschen in der Großstadt das Leben schwer machen.

Ihr aktuelles Oberhaupt ist der gerade mal 16 Jahre alte Subaru. Trotz seines Alters schlummern immense Kräfte in dem Jungen. Ihm zur Seite bei seiner schweren Aufgabe stehen ihm seine Zwillingsschwester Hokuto und sein engster Freund, Seishiro Sakurazuka. Mit dem 25 jährige Seishiro verbindet Subaru eine ganz besondere Beziehung. Nicht nur, das Seishiro in seinen jungen Freund verliebt ist, er sollte eigentlich sein ärgster Feind sein.

Die Sakurazuka sind nämlich ein Clan von Meuchelmördern und Seishiro ist der nächste "Sakurazukamori", der Anführer des Clans. Es ist ihm vorherbestimmt den derzeitigen Anführer, seine eigene Mutter, zu töten und ihren Platz einzunehmen, wenn seine Zeit gekommen ist. Blutige Tradition, was ?

Doch noch ist es nicht so weit und solange genießt Seishiro die Zeit mit Subaru und Hokuto, die die Fähigkeit hat, die Träume anderer zu sehen und zu manipulieren. Sie ist eine sogenannte Traumseherin.