150 Jahre nach dem Start der Raumkolonisierung, ein Jahrhundert nach dem Auswanderungsprogramm wurde angezweifelt, dass die begünstigten Eliten auf Erde übrig bleiben könnten. Das Auswandern der Menschheit in den Weltraum ist endlich beinah vollständig. Die Earth Federation hat ihre Operationsbasis zum Mond verlegt, um den von Menschenhand entstandenen Schaden wieder gut zu machen. Nur eine Handvoll legaler Einwohner bleiben auf der Erde in ein paar dazu vorgesehenen Residenzgebieten. Die restlichen illegalen Residenten verstecken sich in der Wildnis.
Mit ihren Aufgaben der Raumkolonisierung und des Bevölkerungsmanagements die hauptsächlich Abgeschlossen sind, ist das Bündnis schwächer und schwächer geworden. Nach dem erfolgreichen Trotz der Crossbone Vanguard (siehe Gundam F91), rutscht das Bündnis weiter in die Belanglosigkeit, und die Spacenoids wurden in ihrer Angst auf Unabhängigkeit progressiv mutiger.
In UC (=Universal Century) 0149, eine Radikal politische Bewegung Auf Side 2 reisst die Macht an sich und etabliert das Unabhängige Zanscare Empire. Während die frömmlerische Königin Maria Pia Armonia der geistliche Führer des Reiches ist, regiert die totalitäre Gatie Party in ihrem Namen, bei der Ausbreitung seiner Religion durch Terror und militärischem Druck. Die Fereration ist zu schwach und sucht nach einer wirksamen Antwort, aber eine League Militaire genannte Zivilwiderstandsbewegung erkennt die Bedrohung und beginnt sich zu bewaffnen, um der Zanscare Gefahr entgegen zu treten.
In UC 0153 fängt der wahre Kampf an, als das Zanscare Empire die restaurierte Erde in ein Vaterland für die wahren Gläubigen wandelt. Zanscares Elite Yellowjacket Truppe dringt in den Planeten ein und errichtet eine fortschrittliche Basis in der Ost Europäischen Stadt von Largane. Inzwischen beginnt Zanscares mächtige Raumflotte sich zu mobilisieren, um die Nachbarraumkolonien zu überwältigen. Die letzte Hoffnung auf Widerstand liegt mit der League Militaire, dessen Untergrundfabriken in Osteuropa eine Reihe von Modernen Mobile Suits herstellen, um die Zanscare Truppen zu bekämpfen ...
Nahe der City von Woowig (heute als Prag, Tschechoslowakei, bekannt) liegt eine Waldregion genannt Point Kasarelia, der das Zuhause zweier illegal Eingewanderten jungen ist. Beide, der dreizehn Jahre alte Usso Ebbing und der elf Jahres alte Shakti Kareen sind hier von ihren Eltern zurückgelassen worden. Zusammen warten sie geduldig auf die Rückkehr ihrer Familie. Ihr friedliches Leben wird unterbrochen, als Yellowjacket Truppen nach Kasarelia kommen, als diese den League Militaire Piloten Marvette Fingerhat verfolgen. Als Usso in den Kampf verwickelt wird, hilft er dem verletzten Marvette indem er flieht und eine Mobile Suit der Yellowjacket ergattert und Cronicle Asher, ein feindlicher Spitzenpilot, in den See schubst.
Usso setzt bald seinen gestohlenen Mobile Suit ein um mit ihm Woowig zu verteidigen, als die Stadt von Yellowjacket Truppen angegriffen wird, die für des League Militaires versteckte Fabriken suchen. Usso rettet seinen Freund Katejina Loos aus der verwüsteten Stadt und kommt nach Kasarelia zurück. Hier schliessen sie sich mit Marvette zusammen, dem Rest von des League Militaires Camion Gruppe und einem Trio von Flüchtlingskindern von Largane. Zusammen gehen sie ihren Weg zur Untergrundfabrik der Widerstandskämpfer in Kolin, wo der neue Mobile Suit, der Victory Gundam, hergestellt wird. Usso deckt für das verletzte Marvette ab, indem er ein Victory Gundam Piloten wird - eine Entscheidung, die seinen Freund Katejina weiter erzürnt, der im schon der Zerstörung durch die League Militaire seiner Heimatstadt die Schuld gibt.
Der Standort des League Militaires Fabrik wird bald entdeckt, und eine hastige Evakuierung fängt an. Im Geschehen nimmt Cronicle Katejina den Führer der Camion Gruppe gefangen, der letztere wird in einer grässlichen Fernsehschow hingerichtet. Der Rest der Camion Gruppe flieht, mit dem Rest der Yellowjackets im Rücken. Usso und Shakti versuchen, nach Kasarelia zurückzugehen, aber sie sind jetzt Ziele der Yellowjackets, und sie sind nur sicher wenn sie sich mit der Camion Gruppe abgeben. Und was ist mit der Gefangenen Katejina? Fasziniert von ihrem Entführer und der Zanscare Philosophie, will sie schnell Gehilfin der Cronicles werden.
Der mysteriöse Führer des League Militaires führt die Camion Gruppe zu einem Treffen an die Becheyne Basis der Federal Forces. Sie schliessen sich unterwegs an das League Militaires Elite Shrike Team an, einer völlig weiblichen Mannschaft von Mobile Suit Piloten, geführt von Marvettes alter Flamme Oliver Inoue. An Becheyne ankommend, borgen die wiedervereinigten League Militaire Mitglieder Transportflugzeuge von den Federal Forces und setzen ihre Fahrt in der Luft fort.
Die League Militaire Mitglieder kommen am Arti Gibraltar Raumhafen in Spanien an, von dem millionen von Leuten die während der Glanzzeit der Raumkolonisierung in den Weltraum gestartet sind. Die Yellowjackets ergreifen Kontrolle der Stadt von Gibraltar, und erzeugen dadurch einen Kampf und es werden einige Shrike Team Piloten getötet. Inmitten des Geschehens gelingt es Cronicle und Katejina, in einem Raumtransporter zu gehen und zu starten. Sie setzen einen Kurs auf den beinahe vollständigen orbitalen Angriffssatelliten Kairas Giri ein, wo sie von dem Stationskommandanten Tassilo Vago empfangen werden.
Heiss auf Cronicles Fersen sind Usso und Marvette, der einen Raumtransporter entführt und der sich in die Erdumlaufbahn stürzt. Der Rest der League Militaire Besatzung borgt inzwischen einen eingemotteten Raumkreuzer von den Federal Forces und folgen Usso und den Anderen in den Weltraum. Als zwei der Flüchtlingsgören sich an Bord Ussos Shuttle verdrückt haben, überredet das Drittel Shakti sie an Bord der Reinforce zu schmuggeln, und die ganze Team muss deshalb in den Weltraum umziehen.
In der Erdumlaufbahn, Usso und einige Freunde treffen ein Zanscare Patrouillenschiff und Usso befreit mit seinen Freunden die Kindergeiseln an Bord. Es stellt sich heraus, dass diese Gefangenen die Kinder der Besatzung des Solarenergiesatelliten Hiland sind. Man brauchte diese Geiseln, um ihre Eltern zu zwingen, Energie für Kairas Giri zu beschaffen. Usso und Marvette geben die Kinder Hiland zurück und lassen sich nieder, um auf die Rainforce zu warten.
Auf dem Weg nach Hiland, wird die Reinforce von Zanscare Truppen angegriffen, die sie mit etwas Hilfe von Usso, Marvette und einem zweiten League Militaire Schiff abwehren. Während des Kampfes werden Shakti und ihr gleichgestellter Passagier allerdings in den Weltraum abgeblasen und vom Zanscare gefangen. Sie werden nach Kairas Giri zurückversetzt, wo Cronicle und Tassilo entdecken, dass Shakti in der Tat die lang verlorene Tochter ihrere heilige Verbindungsperson Queen Maria ist, und wo Chonocle abgesandt wird, um Shakti zur Heimatkolonie des Zanscare Reiches zurückzuversetzen. Sobald Cronicle geht, beginnen die League Militaire Truppen einen Angriff auf Kairas Giri und erobern den sateliten.
Mit der Kairas Giri Krise beilegend, fuhr die Hiland Besatzung fort, um ihre Heimatkolonie in Side 2 zu besuchen, und die Hiland Kinder engagieren Usso, um ihm zu helfen, ihren Eltern nachzujagen. Ein medizinischer Notfall zwingt Usso und die Gesellschaft, das Herz des Zanscare Empires, der Side 2 Kolonie von Amelia, zu betreten, wo Usso kurz mit Shakti wiedervereinigt wird. Zu diesem Zeitpunkt beginnt die League Militaire einen Angriff auf die Kolonie Amelia, um die Hauptflotte des Zanscare Empires zurück zu locken. Usso und seine Freunde schliessen sich ihren Kameraden, dem wirkungsvollem Shakti an, um zurück zu bleiben und auf ihr Oberhaupt aufzupassen.
Abgeschnitten von der zurückkehrenden Flotte, werden Usso, Marvette und die Hiland Kinder gezwungen, Amelia wieder zu betreten. Usso und Marvette werden gefangen, und es wird festgelegt, dass sie in einer öffentlichen Kundgebung Exekutiert werde. An der Zeremonie predigt Queen Maria Liebe und Frieden, führt eine spektakuläre Massenheilung vor, dann wird sie erschossen als der Gatie Party Führer die Bühne übernimmt um über die öffentlichen Exekution den Vorsitz zu haben. An dem letzten Moment erscheinen die Hiland Kinder, um Usso und Marvette zu befreien; dank Marias Andeutungen können sie ebenso Shakti wiedergewinnen. Gerettet von der Guillotine ist auch Tassilo Vago, der für seinen Verlust von Kairas Giri hingerichtet werden sollte.
Als unsere Helden ihren Weg aus Amelia kämpfen, kommt die Haupt League Militaire Truppe zurück, um einen anderen Angriff auf die Kolonie zu beginnen. Die League Militaire plant die Zanscare Flotte mit dem gefangen genommenen Kairas Giri zu sprengen, aber als die Fernsteuerung des Satelliten Systems beschädigt wird, muss Usso Kairas Giri betreten und muss ihre vernichtende Kanone selbst abfeuern. Die Explosion löscht ein Drittel der Zanscare Flotte aus, und die League Militaire schlägt einen hastigen Rückzug ein.
Vor der Wut des Zanscare Empires flüchtend, flieht die League Militaire Besatzung zu der neutralen Side 2 Kolonie von Macedonia weiter und stellen sich den Gemeinden. An einem idyllischen Macedonias POW Lager bindet Oliver - seine Pflichten als Shrike Team Kommandant von den Toten der Shrikes entlastet - endlich den Knoten mit seiner alten Flamme Marvette. Alles ist friedlich bis zur Ankunft von Cronicle und seiner neu organisierten Motorad Flotte, worauf die League Militaire Besatzung aus dem Lager ausbricht und einen Kurs auf den Mond setzen. Auf dem Weg erhält Usso eine Anweisung die er aber erniedrigend empfängt, dann aber erhält er einen mächtigen neuen Mobile Suit, der fabelhaft Victory 2 Gundam.
Am Mond eintreffend, die Motorad Flotte und League Militaire jedes Dock nahe der neutralen lunaren Stadt von Saint Josef. Hier wird Usso mit seiner lang verlorenen Mutter wiedervereinigt, die League Militaire Ingenieurin, die den Victory 2 Gundam entwarf, aber ihre freudige Wiedervereinigung wird kurz geschnitten als sie vom Zanscare gefangen genommen wird. Die Motorad Flotte verlässt den Mond um ihre Invasion der Erde zu beginnen, und Oliver opfert sich in einem Versuch, den Abflug der Feindesflotte zu verzögern.
Die Motorad Flotte fällt über Nordamerika her, um seinen terresterischen Wutanfall zu beginnen, und die League Militaire fängt einen fortlaufenden Kampf gegen die Armada der kommenden Schlachtschiffe an. Schliesslich sorgt die Earth Federation dafür, den Motorad Angriff zu stoppen, um über einen Waffenstillstand mit dem Zanscare Empire zu verhandeln. An dem Vorabend der Waffenruhe versuchen die Angreifer einen letzten Kunstgriff, der die Verwendung Ussos Mutter als ein menschliches Schild betrifft. Der Schachzug geht furchtbar schief, und Ussos Mutter wird versehentlich getötet, Sekunden bevor der Waffenstillstand bekannt gegeben wird.
Mit einer vorübergehenden Waffenruhe als Auswirkung, verlässt die Motorad Flotte die Erde. Die League Militaire Besatzung die ihren Weg über dem atlantischen Rücken Europas macht, von wo sie ebenfalls in den Weltraum starten. Obwohl die Motorad Invasion gestoppt worden ist, wissen sie, dass der Krieg weit von dem Ende entfernt ist.
Usso und seine Freunde gehen ihren Weg zu dem Hiland Solarenergiesatelliten, wo sie sich der Vereinigung der League Militaire und Earth Federation Flotte anschliessen - eine Flotte, von Ussos Vater geführt, dem wahren Führer des League Militaires. Diese Gesindel Truppe muss es nicht nur mit der ganzen Zanscare Flotte aufnehmen, sondern auch mit ihrer ultimativen Waffe, die Psycommu Kampf Festung Angel Halo. Diese riesige psychische Waffe benutzend, die von von Zehntausenden von “Zivil-”Psychikern"" angetrieben wird und von den übernatürlichen Begabungen von Queen Maria beherrscht wird, plant das Zanscare Empire, die Gehirne der Einwohner der Erde anzugreifen um einen blutlosen psychischen Völkermord durchzuführen.
Als sich die League Militaire und die Federation Truppen ihren Weg durch die Verteidigungen von Angel Halo kämpfen, wird die Festung aktiviert und beginnt seinen Weg auf die Erde. Verzweifelt die kommende Katastrophe abzuwenden, lässt Queen Maria sich von dem Co-Verschwörer Tassilo Vago “entführen”. Aber als die Königin ihre Kräfte benutzt um Usso um Hilfe zu rufen, rast Tassilo vor Wut, tötet die unkooperative Maria, und wird von dem trostlosen Helden vernichtet. Dann tritt Angel Halo in die Erdatmosphäre ein und die League Militaire, die Earth Federation und die Zanscare Truppen fangen einen katastrophalen finalen Kampf an.
Sich dem Zanscare Empire ergebend beginnen die Shakti Freiwilligen, den Ort ihrer Heimat zu nehmen, um dann die eigene Macht von Angel Halo zu benutzen um die Festung zu zerlegen. Die riesige psychische Waffe zerbricht in Bruchstücke, die dann die Kämpfer und ihre Schiffe aufsammeln und sie zurück in den Weltraum zurückbringen. Inzwischen besiegt Usso seinen Rivalen Cronicle und stösst in den Kern des Angel Halo vor, um Shakti zu befreien, um nur seinen letzten Feind gegenüber zu stehen - die bittere, abscheuliche Katejina. Die Kraftprobe zwischen Usso und seinem fern gehaltenen Freund erreicht seinen Höchststand in einer gewaltigen Explosion, das die restlichen Teile von Angel Halo zerstört ...
Der Krieg ist vorüber, die Anführer getötet, und die Soldaten wurden von der Macht Angel Halos vernichtet. Die Überlebenden des blutigen Konfliktes - Usso, Shakti, ihre gleichgestellten Waisen, und Marvette, schwanger mit Olivers Kind - siedeln sich bei Point Kasarelia an. Dann eines Tages, während ihre Freunde die Gräber ihrer gefallenen Kameraden besichtigen, trifft Shakti eine blinde Bettlerfrau, die versucht ihren Weg nach Woowig zu finden. Shakti hilft dem Wanderer, aber, als Usso und die anderen zurückkommen, kann sie sich nicht dazu bringen, ihnen zu sagen, was sie gesehen hat: Diese verstümmelte, unglückliche Landstreicherin war die einst stolze Katejina.