Yu-Gi-Oh! erzählt uns die Geschichte des jungen Yugi Muto, der ein Meister in einem neuen Spiel namens "Duel Monsters" ist und mit seinen Freunden aufbricht, um bei dem sogenannten "Kartenturnier der Finsternis" den Sieg zu erringen.

"Duel Monster" ist eine ganz neue Art von Sammelkartenspiel, das in extra dafür geschaffenen Arenen ausgetragen wird. Die Duellanten müssen jeweils eine Karte aus ihrem Repertoir setzen, die für ein bestimmtes Monster steht. Dessen Informationen werden in einen Computer eingespeist und dieser erstellt dann ein digitales Bild von dem Monster, das auf der Karte abgebildet ist, in der Arena. Und dann kämpfen die beiden Monster miteinander, logisch!

Dabei ist viel Taktik gefragt, denn jede Karte , bzw. jedes Monster, besitzt bestimmte Vorteile und Fähigkeiten, aber auch Schwächen und da die Kontrahenten nicht wissen, welche Karte ihr Gegner gewählt hat, gehört auch etwas Glück dazu, um im Duell einen Vorteil zu erringen.

Yugi ist wie schon erwähnt wurde, ein Meister dieses Spiels, was hauptsächlich seinem Alter-Ego Yami Yugi zu verdanken ist, in das Yugi sich bei Beginn eines Duells verwandelt. Und obwohl es vielleicht ganz logisch scheint, das Yugi versucht, bei dem Tunier zu siegen, hat es doch einen ganz bestimmten Grund, das er daran teil nimmt. Bei einem Duell mit dem "Duel Monsters"-Schöpfer Pegasus hat Yugi nämlich trotz seiner Erfahrung den Kürzeren gezogen und Pegasus hat kurzerhand die Seele von Yugi's Großvater entführt. Nun muß Yugi an dem Turnier ein weiteres Mal gegen den Meister antreten, um die Seele seines Großvaters zurück zu gewinnen....